Вернувшись на Подкарпатскую Русь к марту 1911 г., отец Алексий, в качестве помощника Мишкольцского протоиерея, устроил в Ясине домовую церковь и начал проповедь Православия среди греко-католиков. Приезд о. Алексия вызвал озабоченность жандармов, которым он предъявил грамоту Константинопольского Патриарха. Они отослали эту грамоту в Будапешт, откуда было получено разрешение иеромонаху служить в Ясине, не выезжая за пределы села. Но отец Алексий видел огромное количество православных русинов, нуждавшихся в священнике, и постоянно предпринимал попытки выезжать в различные селения края. Его несколько раз арестовывали жандармы, но он не оставлял свою подвижническую деятельность, и объехал множество деревень, в которых люди нередко в первый раз видели православного священника. Отец Алексий совершал требы, служил зачастую ежедневно по нескольку недель кряду. В результате его миссионерских трудов к 1912 г. вернулись в Православие несколько тысяч униатов в селах Иза, Великие Лучки, Ясиня, Хуст, Липча, Белки, Ильница, Чумалево, Теребля и др. Это сильно обеспокоило власти, слежка за отцом Алексием усилилась, и вскоре он практически не мог продолжать свою деятельность.
Спасаясь от преследований со стороны австро-венгерских властей, отец Алексий был вынужден уехать в Россию, а затем в Америку, где находилась большая карпаторосская колония. Там он продолжил свой миссионерский труд, и тысячи русинов вернулись к вере отцов. Когда иеромонах вновь приехал в Австро-Венгрию, власти страны организовали второй Мараморош-Сигетский судебный процесс (29 декабря 1913 — 3 марта 1914 гг.), на котором отец Алексий вместе с другими 95 деятелями православного движения Подкарпатской Руси был обвинен в «государственной измене» (всего арестовали около 200 человек). На этом процессе 34 подсудимых осудили на различные сроки тюрьмы. Кроме того, крестьяне должны были уплатить большие штрафы, которые привели их семьи к разорению и обнищанию. Иеромонах Алексий был приговорен к четырем годам и шести месяцам тюремного заключения, штрафу в 100 крон и заключен в концентрационный лагерь Талерхоф, который считается первым концлагерем в мировой истории. Процесс вызвал большой резонанс во всем славянском мире, в особенности в России. После его окончания император Николай II даровал о. Алексию золотой напрестольный крест.[349]
Гонения на православных верующих Подкарпатской Руси прекратились лишь с распадом осенью 1918 г. Австро-Венгерской империи и вхождением края в состав новообразованного Чехословацкого государства. На свободу вышли осужденные на Мараморош-Сигетском процессе исповедники Православия. В 1919 г. в селе Иза иеромонахи Алексий (Кабалюк) и Матфей (Вакаров) основали первый православный монастырь Закарпатья — Свято-Николаевский. Монашескую братию как духовник возглавил о. Алексий, ставший и первым ее игуменом.[350]
До распада Австро-Венгрии православное население Подкарпатской Руси и Словакии формально входило в автокефальную Карловацкую митрополию (с центром в г. Сремски Карловцы), которая в мае 1919 г. вошла в Сербскую Православную Церковь. Кроме того, в 1910 г. Константинопольский Патриарх Иоаким III дал будущему Первоиерарху Русской Православной Церкви за границей архиепископу Волынскому Антонию (Храповицкому) титул экзарха Подкарпатской Руси, а также предоставил ему некоторое количество антиминсов для православного духовенства края. Однако из-за противодействия австро-венгерских властей и начавшейся вскоре Первой мировой войны Владыка Антоний не смог реализовать своих полномочий.
5 июня 1920 г., находясь в Свято-Пантелеимоновского монастыре на Афоне, митрополит Антоний написал «Послание к карпаторосскому народу», в котором говорил о своем намерении приехать в Подкарпатскую Русь, однако при этом отмечал: «Если я к вам не приеду, обращайтесь к Сербии, к православной митрополии в Карловцах. Там православные архиереи научат вас, что делать» (в дальнейшем Владыка Антоний так и не смог прибыть в Закарпатье). С благословения игумена Руссика послание, содержавшее призыв ко всем карпаторуссам возвращаться в Православие, было напечатано в монастырской типографии в количестве нескольких тысяч экземпляров для дальнейшего распространения в крае.[351]