Устав 1884 года, усиливший над духовными школами власть архиереев, довёл семинарии до полного разложения. Схоластическое богословие занимало в программе семинарий главное место, общеобразовательные предметы из семинарской программы были почти полностью изгнаны. Будущие священники воспитывались в духе пренебрежения к светским наукам, особенно к естествознанию и математике, как «ведущим к безбожию», в полном невежестве о мире, человеке. Их не знакомили с литературой, историей русского народа; в семинариях действовало преподанное синодом указание, что «светские книги содействуют рассеянию и даже развращению мысли». Чтение светской литературы не только не поощрялось, но даже каралось, как тяжкий проступок. Главной задачей основных богословских предметов являлась защита библейского учения перед наукой, перед инакомыслящими.
В результате такого воспитания из семинарий выходили слепые исполнители приказаний начальства, безличные чиновники алтаря и престола, люди, часто ненавидящие то ремесло, которому их обучили. Этим людям поручалось быть проповедниками «нравственности». Они становились «учителями» народа, руководителями начальных школ, становились духовными вождями монархических и черносотенных организаций, проводниками реакции и душителями просвещения.
В затхлую семинарскую атмосферу проникал иногда свежий ветер. Так было, например, в период массовых студенческих волнений начала 900-х годов, когда многие семинаристы прекращали занятия и объявляли забастовки. Они требовали облегчения полицейского режима, усиления в программах светских наук — естествоведения, физики, математики, сокращения программы по богословской схоластике.
Синод жестоко расправился с зачинщиками. Был произведён настоящий разгром духовных семинарий. В 1904-1905 гг. закрыли 44 семинарии, во многих из них произвели массовые увольнения за «политическую неблагонадёжность». Хотя синод и грозил, что семинаристам «никакого послабления не будет», но он вынужден был пойти на некоторые уступки. По новому уставу 1906 года в семинариях сократили число уроков по древним языкам, увеличили число уроков по литературе, математике, ввели преподавание истории, несколько облегчили полицейский режим. Но основное внимание по-прежнему уделялось богословским предметам, особенно обличительному богословию. Семинариям была поставлена задача — готовить воинствующее духовенство для борьбы против старообрядчества и сектантства, а особенно против тех, кто отказывался от веры в бога, от православия, от повиновения самодержавию.
Уступки синода не удовлетворили буржуазию, серьёзно обеспокоенную падением авторитета чиновников алтаря и царского престола. Стали раздаваться голоса, что священникам необходимо дать такое образование, чтобы они могли активно выступать как помощники самодержавия в борьбе с рабочим и крестьянским движением. В фабричном приходе, поучали защитники реформы семинарского воспитания, священники должны быть духовным центром для рабочих, быть в курсе рабочего законодательства, условий труда рабочих. В сельских приходах священникам вменялось в обязанность выступать в качестве «экспертов по всем политическим вопросам».
Если священники не перестроятся, говорили представители буржуазии, то неизбежно произойдёт «расхищение паствы», т.е. отход масс от православия, от религии. Поэтому к синоду обращались с требованием коренной перестройки преподавания в духовных школах, введения в их программу общественных наук. Но эти требования не были удовлетворены, семинарское преподавание по-прежнему оставалось схоластическим, оторванным от жизни. Подготовка священников для борьбы с народом шла непосредственно на практике через реакционную и контрреволюционную пропаганду синода, местных архиереев, посредством церковной и светской черносотенной печати.
Высшее образование духовенство получало в четырёх духовных академиях, где также господствовала схоластика и враждебное отношение к светским наукам. В академиях царил строгий полицейский режим; кафедры физики и естествознания были закрыты; студенты преследовались за всякое проявление живой мысли, свобода научного исследования запрещалась. Для борьбы с подлинной наукой в некоторых академиях открыли кафедры естественнонаучной апологетики, которые ставили своей задачей критику материалистической науки и пропаганду реакционных «поповских» взглядов в области естествознания.
Среди духовенства имелась ещё большая армия псаломщиков. Это были люди, не окончившие духовных школ, в большинстве своём не способные ни к какому другому труду; они также привлекались в качестве «учителей» народа.