Современники называли о. Филарета «старцем святой жизни». «Олицетворяя в себе тип древнего иночества и настоятельства по образу великих светил иночества: Пахомия, Евфимия, Саввы и других восточных и отечественных наших преподобных, игумен Филарет с великою мудростью духовною и прозорливостью соединял особую кротость и любовь ко всем ближним. Эта любовь выражалась в нем преимущественно в желании и стремлении всех спасти и привести в духовное о Христе совершенство... Это был и настоятель, и вместе любвеобильный отец для всей своей братии, которою руководил он не столько строгостью, сколько любовью и собственным примером святого иноческого жития. Отец Филарет воздвиг Глинскую пустынь «на степень благоустроеннейшего в духовном отношении монастыря» (Очерк жизни Святогорской Успенской пустыни архимандрита Германа. 1894. С. 25).
Труды о. Филарета не могли остаться незамеченными. «За отлично усердную службу» 20 января 1829 года он был награжден золотым наперсным крестом из кабинета императора Николая I (весом 15 золотников). «За примерное поведение и попечительность в благоустройстве обители» 1 марта 1835 года о. Филарету был вручен игуменский посох. 14 марта 1839 года «за прохождение настоятельского служения с отличным усердием и особенно пользою для обители» о. Филарет был возведен в сан игумена.
В письме Илиодора (Чистякова), епископа Курского и Белоградского, в Святейший Правительствующий Синод по случаю возведения настоятеля Филарета в сан игумена было сказано:
«В Глинской Рождество-Богородицкой общежительной пустыни строитель иеромонах Филарет проходит настоятельское служение с 1817 г., при поведении весьма честном, с отличным усердием и особенною пользою для обители.
Вследствие чего означенный строитель Филарет признан мною быть достойным игуменского сана, в каковой и произведен мною 14 марта сего года, с присвоением ему сей степени лично.
О чем Святейшему Правительствующему Синоду благопокорнейше доношу во известие.
До самой кончины он ревностно исполнял свои настоятельские обязанности: ежедневно отдавал распоряжения по делам обители, принимал братию, благословлял богомольцев и т. п. Однако, все более и более возвышаясь духовно, о. Филарет с каждым днем слабел телесно. В 1838 году, за два дня до праздника Рождества Христова, от полного изнеможения сил он потерял сознание, братия с трудом привели его в чувство. После этого телесные силы о. Филарета стали угасать видимо для всех. Последнюю Божественную литургию он совершил в Неделю Православия Великим постом 1841 года.
Перед переходом в иную жизнь игумен Филарет благословил братию и со смирением просил у всех прощения и молитв о себе... В молчании и уединении встречал приближающуюся кончину. Господь благословил ему в духовной радости провести первый день Пасхи. В час пополуночи под понедельник он причастился Святых Таин, а в б часов 30 минут утра старец Филарет мирно скончался. Это было 31 марта 1841 года. Знаменательно, что в этот же день совершалось празднование Иверской иконе Божией Матери, которую о. Филарет получил в благословение при переходе на настоятельство в Глинскую пустынь.
«Иеромонахи и послушники, старцы и юноши равно оплакивали своего великого старца – отца, который, как святой, лежал в гробу, издавая благоухание от труженического мертвого своего тела» (Очерк жизни Святогорской Успенской пустыни архимандрита Германа. 1894. С. 31). Один из послушников спросил о. Арсения (Митрофанова): «Не положено ли было в гроб каких благоуханий земных?» Отец Арсений, который присутствовал при облачении и положении во гроб свято почившего старца, удостоверил его, что никаких благоуханий не было там положено, а что это благоухание есть возмездие от Бога потов и трудов его преподобных.
В самой смерти блаженного старца Филарета, когда все собравшиеся священнослужители в праздничных ризах возносили к Богу победные над смертью пасхальные песнопения, казалось, был залог вечного блаженства почившего в Царствии Небесном.