Своей любовью он старался покрыть перед настоятелем немощи немощных братии и нередко за это сам подвергался неприятностям. Немало приходилось ему терпеть скорбей от некоторых сподвижников за прием посетителей, особенно женского пола, а обязанности благочинного и старца много отвлекали его от богомыслия. И вот о. Макарий решился отказаться от благочиния и от приема посетителей, желая в келейном уединении работать единому Господу. В 1849 году, во внимание к болезненному состоянию отца Макария, по его просьбе уволили его от благочиния, а спустя два года, по болезни же, освободили от чреды священнослужения. С сего времени участвовал только в соборных службах, продолжая «примером жизни своей и словом опытного назидания благотворно действовать на других».
С увольнением от благочиния о. Макарий из своей келлии стал только выходить в храм Божий да для уединенных, и то редких, прогулок, во время которых его чаще обыкновенного видели на кладбище, где многое и о многом говорило его смиренной душе. Уединенное пребывание о. Макария в келлии называли затвором, хотя оно не было таковым в полном значении этого слова. Впрочем, насколько возможно, сам подвижник старался укрыться от всего развлекающего внимание и свое уединение уподобить затвору. Для этого он ширмами огородил малое место в своей келлии и там стоял в непрестанной молитве и богомыслии. Некоторые такое уединение ставили подвижнику в вину, но праведник не подлежит правилам закона (Гал.5:23; 1Тим.1:9). Был такой случай. Сошлись вечером два инока для взаимной беседы. Между прочим, разговор перешел на о. Макария. «Что он затворился, – говорил один, – в затворе хорошо спасаться, не видя соблазнов; вот если бы он жил так, как мы, видя соблазны и как будто не видя их, то это был бы великий подвиг». Сказавшему это следовало возвращаться мимо келлии о. Макария. Последний, открыв дверь, позвал его и говорит: «Прости меня, брат, прости грешного и немощного, не могущего подвизаться так, как подвизаетесь вы, и от соблазнов мира уединившегося в келлию; прости меня, Бога ради». Пораженный не столько глубиной смирения, сколько словами, произнесенными им несколько минут тому назад и повторенными теперь перед ним старцем, судья чужих дел и намерений упал в ноги смиренному подвижнику и искренне просил у него прощения.
По уединении отца Макария, многочисленные почитатели его лишились назидания; пробовали было приходить к его келлии, но получили отказ в приеме. Тогда некоторые из них просили настоятеля, дабы он за послушание приказал о. Макарию принимать приходящих и назидать их словом спасения. Но он не желал этого без согласия старца, который, между тем, как хлебное зерно под прикрытием внешних покровов, незаметно более и более созревал духом, чтобы раскрыться и насытить собой голодных духовно. Когда кончилось это созревание, ему повелено было показать свой плод. Почтенный старец монах Исихий, от которого о. Макарий принимал различные услуги, передавал нам, что подвижник стал принимать посетителей, как лично слышал, по следующему случаю. «Лежу я, как теперь, утомленный и немощный, – говорил о. Макарий отцу настоятелю, – явился мне ангел Божий и сказал: «Принимай народ». Теперь я не могу противиться и должен исполнить волю Божию». После этого старец получил благословение от аввы на прием приходящих. Кроме того, было о. Макарию видение, по которому он без смущения стал принимать женский пол. «Я вас не принимал бы, – говорил подвижник монахине, – да мне было видение. Вижу, будто иду в церковь. По монастырю и около меня летает множество ласточек. Они садятся и на руки, и на плечи мне; я их беру в руки и одуваю. После того будто возвращаюсь из церкви и на голове несу крест, а на крышах монашеских келлий грачи каркают на меня». Видение ласточек было понято о. Макарием в том смысле, что он не должен отказывать в приеме женщин, ищущих его совета; несение креста означало, что дело это – не легкий подвиг; а каркающие грачи означали тех братий, который роптали по поводу приема женщин.
Когда отверзлись двери тесной келлии о. Макария, все и всегда, и во всякое время могли идти к нему в твердой уверенности, что найдут здесь и опытный совет, и благодатную помощь 16. Келлия подвижника ежедневно была свидетельницей разрешения многоразличных духовных нужд, вопросов и недоумений. Тут ежедневно с утра и до вечера многие открывали сердечные помышления свои, проливали обильно спасительные слезы умиления и раскаяния, давали обеты к исправлению жизни, разрешали свои сомнения.