Одна монахиня рассказывала, как однажды старец спросил ее: «Что же, матушка, благоденствуешь?». «Очень хорошо, батюшка!», — по простоте ответила она. «Хорошо!», — повторил он. Потом ушел к себе и через несколько времени вернулся суровый, сердитый. Она его спрашивает о житейском, о доме, о разных вопросах, что тут решить надо, а он молчит. Потом сказал, направляя к другому духовнику: «А ко мне и не ходите! Отказываюсь я от вас!» Она — плакать, а он не глядит. Других батюшка принимает, а с ней и не занимается, отчаянные помыслы пошли у нее. Тогда он взял ее за руку и подвел к иконам: «Говори, хочешь в Царство Небесное!», — и так сурово, только что не кулаком толкает. Та молчит. — «Говори, хочешь?». Та сквозь слезы: «Хочу!». — «Ну, вот! Лучшего и не ожидай. Я другой дороги туда не знаю. А если ты хочешь, то поищи сама», — и опять ушел. А у нее от скорби все в голове мутится. Тогда он словно смягчился немного и дал в книжке прочесть жизнеописания двух Саровских старцев, одного очень сурового, а другого мягкого, и как новоначальных суровый больше посылал к мягкому, а то они его суровости не выдерживали и отпадали. Так сурово воспитывали преп. Нектария его старцы, и так же вел он ближайших своих учеников. Он не натягивал тетиву, а временами давал как бы отдых, чтобы силы не перенапрягались. Он сказал одной своей ученице: «Уверяю тебя, что у нас будут экзамены и маневры, а после экзаменов у нас духовная радость будет». А та возражала: «Батюшка, я уже взрослая, какие у меня будут экзамены?». Батюшка улыбнулся: «Нет, нет! Обязательно у нас будут экзамены и переэкзаменовки».
Послушанию старец придавал величайшее значение. «Самая высшая и первая добродетель — послушание. Это самое главное приобретение для человека. Христос ради послушания пришел в мир, и жизнь человека на земле есть послушание Богу. В послушании нужно разумение и достоинство, иначе может выйти большая поломка жизни».
«Без послушания человека охватывает порыв и как бы жар, а потом бывает расслабление, охлаждение и окоченение, и человек не может двинуться дальше. А в послушании сначала трудно — все время точка и запятая, точка и запятая, а потом сглаживаются все препинания».
«Нашим прародителям дано было обетование, которое они ждали от Каина. Каин был первенец, но предпочтение они оказывали Авелю, потому что он был кроток, смирен и послушлив, а Каин был первенец, но был жесток и груб и творил свою волю. Ему было досадно, что Авелю отдают предпочтение, и он омрачился и опустил лицо свое. А Господь сказал ему: «Каин, грех лежит у порога. Властвуй над ним, а то он обратится и сокрушит тебя». А он не вник, не послушался Бога: грех лежал у порога сердца его, а он не вник, и посмотрел на порог дома, видит, там никто не лежит, он и не стал об этом думать, и пошел, убил брата своего, отказался от послушания Богу и попал в послушание греху. А уж как он мучился потом! Господи! Он всегда бежал отовсюду и всегда боялся и трясся». Так старец в образной форме учил разумению и внимательности в послушании. Он указывал, что нельзя принимать духовных указаний буквально и поверхностно, ограничиваясь внешним; надо смотреть не только на порог дома, но, главным образом, на порог своего сердца.
Приводя какой-нибудь текст или пример из Священного Писания, он обычно говорил и о прямом, буквальном и об иносказательном значении. Например: «Блажен муж, иже не иде на совет нечестивых». Со стороны внешней это значит, что ублажается человек, избегающий нечестивых собраний, не принимающий участия в еретических или антицерковных учениях, но мужем называется и ум, когда он не принимает приходящих от врага помыслов. Запретить приходить помыслам нельзя, но можно не вступать с ними в совещание в разговоры, а вместо этого говорить: «Господи, помилуй!» Вот поступающий таким образом и называется мужем».
Назначая какое-нибудь послушание, он с величайшей точностью и заботливостью разъяснял его, указывал, как лучше исполнить, соразмерял с силами человека, но, раз назначив, требовал исполнения неукоснительного и безотлагательного. Однажды, он послал одну свою духовную дочь с поручением. Она задержалась в хибарке, с кем-то разговаривая. Старец вышел и сказал: «Две минуты прошло, а ты еще здесь!»
В 1894 году преп. Нектарий был посвящен в иеродиаконы, а в 1898 году рукоположен калужским архиереем в иеромонахи.