После секуляризации церковных земель 1764 года Александро-Свирская обитель лишилась большей части своих владений, а многие подвластные ей монастыри были упразднены. Самой обители также был причинен серьезный ущерб — она перестала существовать, как единое целое. При учреждении в 1764 году Олонецкого викариатства Преображенская часть обители была обращена в самостоятельный второклассный монастырь, а Троицкий монастырь стал местом пребывания викарных Олонецких архиереев и консистории.
С июня 1817 года в Александро-Свирской обители подвизались иеромонах Леонид (впоследствии первый Оптинский старец, в миру Лев Данилович Наголкин) и схимонах Феодор — ученик молдавского старца Паисия (Величковского). Прожив вместе на Валааме 6 лет, они ушли, стремясь к безмолвию, в Александро-Свирский монастырь. В 1822 году отец Феодор преставился, а отец Леонид вместе с шестью учениками перешел в Оптину пустынь. Но, будучи еще в Александро-Свирской обители, он стал духовным наставником для еще одного русского святого — святителя Игнатия (Брянчанинова). Святитель Игнатий также начал свой иноческий подвиг именно в Александро-Свирском монастыре, где поначалу, еще послушником, исполнял распоряжения повара.
После учреждения в 1818 году самостоятельной Олонецкой епархии с кафедрой в Петрозаводске к ней был причислен и Александро-Свирский монастырь. К тому времени, несмотря на воссоединение двух частей монастыря и восстановление общежития в 1800 году, хозяйство обители пришло в упадок.
С 1873 года настоятельство Свирского монастыря было предоставлено епископам Олонецким и Петрозаводским, а в монастыре учреждено наместничество. Это не поправило хозяйственное и духовное состояние обители, но, напротив, еще больше все расстроило.
В 1890 году обитель вновь стала самостоятельной с особым настоятелем — архимандритом, которым стал отец Агафангел (Амосов), прибывший из Валаамского монастыря.
В 1890 году монастырь вновь стал самостоятельным. 31 декабря 1891 года настоятелем Александро-Свирского монастыря был назначен архимандрит Агафангел, бывший до того времени ризничим Валаамского общежительного монастыря. 6 февраля 1892 года архимандрит Агафангел прибыл в Александро-Свирский монастырь.
В то время обитель была не в лучшем состоянии: монастырские здания были запущены и требовали возобновления и исправлений; братии было не более 15-ти человек, большинство из них были люди престарелые, да человек десять певчих с мальчиками вместе; хозяйство монастыря находилось в полном расстройстве.
Архимандрит Агафангел ревностно приступил к исправлению обители. За время управления монастырем он серьезно перестроил Александро-Свирскую обитель. Вновь было выстроено много разных хозяйственных заведений и помещений. Так, на монастырской пристани у реки Свири были построены совершенно новая водяная мельница на месте бывшей старой и новый амбар для хранения зернового хлеба, построены новый скотный двор с сеновалом вверху, сарай для дров и баня. У пароходной пристани на реке Свири был построен новый деревянный двухэтажный дом и выстроена новая часовня. На берегу озера была поставлена новая баня и в ней помещен медный насос для передачи воды в водогрейную для скота по проведенным железным трубам. Выстроен каменный двухэтажный корпус. Поставлено новое каменное гумно. Рядом с квасоварнею, на берегу Рощинского озера, был построен большой каменный ледник. В пяти верстах от монастыря, близ речки Кукос, был выстроен новый кирпичный завод; обжигательная печь вмещает 75 000 кирпичей. При заводе была устроена глиномятная машина. Там же для помещения рабочих были поставлены два дома.
Но внешнее устроение обители не было главной и единственной заботой архимандрита Агафангела. Он прилагал большее попечение о ее внутреннем устроении, о строгом соблюдении церковного устава и монашеских правил, о водворении духа иноческой жизни.
При архимандрите Агафангеле монастырь настолько духовно вырос, что его стали называть Олонецкой Лаврой.
До революции Александро-Свирский монастырь имел подворья в С.-Петербурге, Москве, Новгороде, Олонце, Белозерске; в обители два раза в год проводилась Троицкая ярмарка.
Вскоре после революции на Александро-Свирскую обитель начались гонения. В 1918 году из обители увезли мощи преподобного Александра. В связи с этим событием несколько человек братии, в том числе настоятель, архимандрит Евгений (Трофимов), были арестованы, а затем расстреляны.
Монастырь вскоре был закрыт. На его территории разместились различные учреждения. Великая Отечественная война также не обошла монастырь стороной — часть монастырских построек серьезно пострадала.
Лишь в 1997 году Александро-Свирский монастырь был возвращен Церкви. Первоначально была возвращена только Преображенская часть. Все возвращенные храмовые здания и хозяйственные постройки нуждались в капитальном ремонте. Затем Церкви была передана и Троицкая часть обители, также в аварийном состоянии.