Между тем в Шамордине началось приготовление тела старца к погребению. Как раз к этому времени возвратился из скита иеромонах Иосиф с нужными для опрятания старцева тела вещами и с монахом Гавриилом, обязанным за послушание опрятывать тела покойников. Сначала, по завещанию старца, надели на него холщовую рубашку старца Макария, потом сверх этой рубашки власяницу, а затем уже, по обычаю, прочие монашеские одежды и схиму. Пока монахи опрятывали тело, тут же рядом читали Псалтирь. Опрятанное тело на тюфяке руками старцевых учеников вынесено было в зал настоятельницы. При виде безжизненного, холодного тела дорогого отца, сестры снова разразились громкими рыданиями. В зале тело было положено на приготовленный стол, и сейчас же совершена была первая панихида о упокоении новопреставленного старца иеросхимонаха Амвросия.
Тотчас же, по случаю кончины старца, разослано было множество телеграмм в разные концы России ко всем особенно близким к нему почитателям и духовным его детям.
Отправлена была телеграмма и в Калугу к местному епископу, преосвященному Виталию, но она уже не застала его в Калуге. В самую минуту кончины старца Амвросия владыка выезжал из Калуги, направляясь в Шамординскую общину. Как болезненный человек, отъехав от Калуги только 28 верст, он остановился для отдыха и ночлега в находящемся на пути Перемышльском Троицком Лютиковом монастыре. Здесь и было получено им известие о кончине старца. Преосвященный с настоятелем монастыря сидели в зале, беседуя о разных предметах; между прочим, преосвященный высказывал неудовольствие, что старец, по его выражению, не имеет послушания высшей власти. Как раз в это время келейник подал о. настоятелю телеграмму. Тот, ничего особенного не подозревая, тут же в присутствии владыки раскрыл телеграмму. Но лишь только прочитал он, что старец иеросхимонах Амвросий скончался, руки у него задрожали и слезы полились из глаз. Глядя на него, преосвященный спросил: «Что там такое?» - «Грустное известие, ваше преосвященство!» - «Да что такое?» - Вместо ответа настоятель подал преосвященному телеграмму. Взглянув в нее, епископ сказал: «Это что же такое? Старец скончался?» - «Как видите», - ответил настоятель. Владыка был поражен. Он обратился к св. иконам, всплеснул руками и воскликнул: «Боже мой! Что же это такое? Неисповедимы судьбы Господни!»
Наутро вместо Шамординской общины преосвященный выехал в Оптину пустынь. Здесь он узнал, что старец скончался в половине 12-го часа дня, в то самое время, когда он садился в экипаж для того, чтобы выехать из Калуги.
«Теперь я вижу, что это старец пригласил меня на отпевание. Простых иеромонахов епископы не отпевают; но этот старец так велик, что его непременно должен отпеть епископ. Меня доктора отпустили с условием, чтобы я нигде не служил; но теперь я считаю обязанностью отпеть старца», - сказал владыка.
Между тем в Шамордине тело старца Амвросия было переложено иеромонахами в простой, обитый простою черною материей гроб и покрыто до половины также простым, общим для всех монастырских покойников покровом. Сестры попеременно читали Псалтирь, и всякий раз, когда произносилось имя «новопреставленного отца нашего, старца иеросхимонаха Амвросия», все находившиеся в зале клали земные поклоны. На следующий день, 11 октября, как в Шамординской общине, так и в Оптиной пустыни, и во многих других местах совершены были по старцу Амвросию заупокойные литургии. Во втором часу дня отслужили последнюю над телом в келлии панихиду, и затем гроб с телом почившего был вынесен из настоятельского корпуса в церковь, где продолжалось чтение Псалтири, и неумолчно пелись панихиды, при неутешном плаче наполнявших храм духовных чад и почитателей старца.
Вследствие разосланных телеграмм и распространившихся известий со всех сторон начинали прибывать в Шамордино почитатели старца, желавшие присутствовать на его погребении, так что всего ко дню погребения скопилось в Шамордине до восьми тысяч человек.
Между тем из любви и уважения к почившему старцу между Оптиной и Шамординым возникло недоразумение по вопросу о том, где погрести тело дорогого для обеих сторон покойника, в Оптиной или в Шамордине. По распоряжению Св. Синода тело должно было быть предано земле в Оптиной пустыни.
Всю следующую на 12 октября ночь у гроба почившего, по желанию сестер и посетителей, непрерывно совершались панихиды. Народ во все время, пока открыто было тело почившего, приносил платки, куски холста и другие вещи, прося приложить их к телу старца, и принимал их обратно с верою и благоговением, как святыню. Некоторые матери прикладывали к нему своих маленьких детей.
12 октября, в субботу настоятелем Лихвинского Покровского Доброго монастыря игуменом Агапитом[67]
, прибывшим к погребению старца, его бывшим письмоводителем и учеником, отслужены были соборне молебен с акафистом пред чудотворною Казанскою иконою Божией Матери[68], литургия и панихида над гробом старца. Затем опять продолжались весь день и ночь частные панихиды.