Будучи послушником, Прохор показал себя исключительным подвижником: в среду и в пятницу он не принимал пищи, а в другие дни ел всего лишь раз в день; спал он весьма мало, часа три в ночь, исполняя неукоснительно трудное правило св. Пахомия Великого. В чаще Саровского леса издавна жили пустынники, предававшиеся всецело молитве; сам Прохор получил благословение от своего старца Иосифа уходить в лес для уединенной молитвы в свободное от послушаний время. Здесь он совершал правило св. Пахомия. Два года спустя по вступлении в монастырь Прохор перенес очень тяжкую болезнь, которая продолжалась около трех лет. Врачи того времени не могли точно определить вид болезни, но склонялись к тому, что это была водянка: распухшее тело Прохора не позволяло ему двигаться, и он почти все время болезни пролежал. Состояние его, как и при первой серьезной болезни в детские годы, казалось по истечении трех лет безнадежным. Трогателен был неусыпный уход за больным со стороны игумена Пахомия, а также и казначея Исаии. Несмотря на их просьбы, Прохор отказался от вмешательства врачей в критический момент, предавая себя всецело на волю Божию. Была отслужена Божественная литургия, больного приобщили, после чего ему стало лучше, и он, непонятным для всех образом, выздоровел. Лишь впоследствии, незадолго до кончины, св. Серафим поведал о том, что в тот день случилось: причастившись, он увидел осиянную Фаворским светом Божию Матерь, подошедшую к нему в сопровождении апостолов Петра и Иоанна. Указывая на Прохора, Она сказала Иоанну: «Сей – нашего рода!» Причем, правую руку Она положила на голову больного, а жезлом коснулась его правого бедра, где вскоре открылась большая рана, из которой вытекла вся вода. От этой раны остался след на всю жизнь в бедре святого, который, в подтверждение совершенного чуда, давал матери Капитолине, «церковнице» основанной им общины, вложить весь кулак в углубление своего правого бедра, как некогда Христос давал Фоме вложить руку в ребро Свое.
Слова, сказанные Божией Матерью столь молодому послушнику, лишь два года пробывшему в монастыре, наводят на нас некий страх и трепет… Из дальнейшей жизни св. Серафима мы увидим, что Божия Матерь избрала Себе в лице преподобного удивительно верного послушника, которому поручила нелегкое дело создания Дивеевской новой женской обители. Сам святой называл себя «служкой» Божией Матери, говоря, что без Ее указания он ничего не делает, а все делает Она. Слова Богородицы не смутили Прохора, отрешенного от всего земного столь продолжительной и тяжкой болезнью; в третий раз он был спасен от смерти, и Царица Небесная опять приняла прямое участие в его исцелении, указывая Своими словами не только на пройденный Прохором путь, но и на высоту его дальнейших подвигов: ему надлежало осуществить великое Мариино послушание, вынести особенно тяжелый крест, утвердиться в высшем девственном целомудрии. Так Божия Матерь готовила Себе, с самого начала его монашеского пути, великого по смирению сотрудника и мудрого исполнителя Своих велений.
Когда Прохор вполне окреп, игумен Пахомий послал его собирать деньги на постройку в Саровском монастыре больничной церкви. Труд по сбору денег не считался легким, но благодарный послушник охотно исполнял его, обходя окружные города.
Дойдя до Курска, Прохор узнал, что мать его уже умерла. Брат же его Алексей пожертвовал на постройку Саровской церкви немалую сумму. Когда сборщик вернулся в Саров, то, в знак благодарности за исцеление, сам приступил к сооружению прекрасного нового престола из кипарисового дерева, предназначенного для нижнего этажа больничного храма.
Годы зрелости
В 1786 году, 27-ми лет от роду, Прохор был пострижен в монашество с именем Серафима и в том же году посвящен во диакона. Служение его в этом сане продолжалось шесть лет, причем о. Серафим почти не выходил из церкви.
Здесь надо отметить первое указание свыше о. Серафиму на великое дело, которое он имел завершить в последние годы своей жизни, и для этого предварительно кратко указать на путь и призвание некоей Агафии Семеновны, вдовы полковника Мельгунова, богатой дворянки-помещицы Ярославской области, имевшей до семисот душ крестьян. Рано овдовев, Агафия положила окончить жизнь в известном Флоровском Киевском монастыре, где и постриглась под именем Александры; но вследствие явлений ей Божией Матери, указавшей ей идти на север и быть основательницей великой в будущем обители, она, скрывая по совету Киево-Печерских старцев свое монашеское звание, после многих странствий осела неподалеку от села Дивеева. Это село, находившееся в двенадцати верстах от Сарова, на первый взгляд вовсе на было подходящим для женской обители, ибо было населено разгульными рабочими-шахтерами, работавшими на железных приисках, и почиталось опасным. Несмотря на это, село Дивеево было указано матери Александре вновь явившейся ей Царицей Небесной.