В доме Джонатана Джеймса был проведён обыск и изъяты все компьютеры, в том числе и его отца (который являлся профессиональным программистом, и компьютер для него был не роскошью и не развлечением, а орудием труда). Арест «товарищей по команде» и обыск в доме повергли Джонатана в тяжелейшую депрессию – тот очень болезненно перенёс случившееся и на протяжении последующих дней мог говорить только об этом. 17 мая Кристофер Скотт был выпущен до суда под залог и сразу же примчался к Джонатану в гости. Очевидно, хотел поделиться с товарищем впечатлениями о том, каково оно – оказаться за решёткой. Однако этот визит вызвал у Джонатана всплеск эмоций, близкий к истерике – он стал кричать на Кристофера, что своим визитом тот компрометирует его, что им незачем встречаться и вообще, у них не было и не будет общих тем для общения. Совершенно очевидно, что Джонатан испугался того, что визит освобождённого из тюрьмы друга вызовет его собственный арест. Возможно, он даже заподозрил, что на теле Кристофера укреплён скрытый микрофон, как это иногда показывают в детективных кинолентах – в общем, Джонатан перепугался не на шутку.
После того, как Скотт, раздосадованный таким неласковым приёмом, уехал, Джеймс заперся у себя в комнате и не выходил почти сутки. За это время он написал письмо, адресованное отцу и брату, текст которого в точности неизвестен до сих пор. Существует только его пересказ отцом, да несколько цитат, озвученных представителями правоохранительных органов. Таинственность вокруг этого письма хорошо объяснима – в нём Джонатан Джеймс прямо написал о связи Альберта Гонзалеса с ФБР и утверждал, что тот купит себе свободу, продав ФБР-цам своих товарищей. Более того, Джонатан без обиняков обвинил Гонзалеса в провокации, т.е. побуждении друзей к нарушению закона с целью последующего сообщения о преступлении правоохранительным органам. В 2008 г. информация о том, что «крупнейший хакер Америки» всё время оставался информатором спецагента ФБР, скрывалась, поэтому понятно, почему следователи категорически запретили разглашать текст письма Джеймса. Кроме обвинений Гонзалеса в провокаторской деятельности автор письма сообщал о своей полной невиновности и заявлял, что ни при каких условиях не отправится в тюрьму, поскольку не намерен отвечать за чужие грехи. Текст был немаленьким – на пяти страницах – и написан вполне разборчиво и аккуратно, без помарок, что косвенно свидетельствует о том, что Джеймс довольно долго работал над ним и в итоге переписал начисто, уничтожив черновик. Из этого можно сделать вывод, что «письмо» написано не под воздействием кратковременных эмоций, а является следствием методичных и довольно продолжительных усилий.
Это отметает все предположения о порывистости и неуправляемости Джонатана, а также домыслы о «случайности» того, что последовало после написания текста. Джеймс взял свой 9-миллиметровый пистолет и выстрелом в рот покончил с собою. Таким образом, его «письмо» стало предсмертной запиской. Этим поступком хакер вольно или невольно реализовал главный принцип Гонзалеса: «ты должен быть богатым, иначе, зачем тебе быть?» И поскольку понял, что богатым ему уже быть не удастся, он решил «не быть» вообще.
Самоубийство Джонатана Джеймса только подлило масла в огонь вокруг расследования, ход которого активно комментировался средствами массовой информации. Журналисты буквально осаждали всех, кто мог хоть что-то рассказать об арестованных и пролить тайну на содержание выдвинутых обвинений. Интересно, что отец самоубийцы выразил уверенность в том, что его сын действительно был вовлечён в деятельность группы Гонзалеса, хотя и отрицал это в предсмертной записке. При этом за свою деятельность Джонатан больших денег не получал, во всяком случае отцу ничего не было известно о наличии у сына сколько-нибудь значительных сумм. Он мог помогать хакерам просто потому, что ему нравилось заниматься этим. Кроме того, отец и брат подтверждали, что Джонатан Джеймс был подвержен серьёзным приступам депрессии, параноидальным страхам и уже пытался свести счёты с жизнью. При обыске 7 мая в его столе была найдена другая «предсмертная записка», датированная 2005 годом.
Вслед за майскими арестами в США последовали задержания хакеров из других стран, сотрудничавших с группой Гонзалеса. За решётку отправились «братья-славяне» – Суворов, Сторчак, Буряк и Павлович. А в Калифорнии, в Сан-Диего, были арестованы два гражданина Китая, неосторожно приехавшие в США – Жи Вонгу и Ханг Минг Чиу. Однако, некоторым «контрагентам» удалось своевременно принять меры по самоспасению и перейти на нелегальное положение. Впоследствии ФБР признавало, что удалось скрыться от правосудия ещё как минимум двум китайским и одному итальянскому хакерам.