Однако Адамс подчас стремился выступать с конструктивными инициативами, направленными, как он считал, на благо народа. В первом послании о положении страны, которое он направил Конгрессу 6 декабря 1825 г., ставились амбициозные задачи: поощрение индустриального развития, быстрое освоение западных земель, защита государственных границ и их закрепление договорным путем. Ставились и такие конкретные задачи, как создание единой системы мер и весов, образование национального университета, развитие астрономических исследований («создание прожекторов, направленных в небеса»). В Конгрессе президентские предложения были приняты сдержанно. Ни одно из них, в том числе касавшееся мер и весов, которое формально было одобрено, не было доведено до приятия соответствующих законодательных актов. Законодатели буквально саботировали реализацию даже самых элементарных предложений президента. Они неоднократно цитировали его неосторожное высказывание, что «свобода — это власть», заявляя, что подлинная свобода как раз состоит в ограничении государственной власти.
Адамса нередко обвиняли, что он фактически пытался возродить Федералистскую партию, что он нарушал единство демократов-республиканцев. Порой даже высказывалось совершенно необоснованное (как, впрочем, и остальные) мнение, что президент может провозгласить себя монархом по образцу британского короля.
Одновременно и в связи с отмеченными столкновениями росли противоречия между федеральными властями и отдельными штатами. В 1826 г. Адамс столкнулся с непримиримыми противоречиями между фермерами и плантаторами штата Джорджия, с одной стороны, и индейским племенем криков, занимавшим долинные плодородные, частично болотистые земли, удобные для выращивания риса. При покровительстве губернатора Джорджии Джорджа Троупа белые плантаторы и фермеры стали захватывать индейские земли, а затем крикам был навязан неравноправный и унизительный договор о продаже их земель за смехотворно низкую цену и о переселении племени на запад.
Адамс попытался вмешаться и потребовал пересмотра договора, но не встретил поддержки в собственном правительстве. Его министры стали требовать пересмотра установившейся практики признания суверенитета индейских племен, принятия решения Конгресса во всех случаях, касавшихся их статуса. Оставшись в одиночестве, президент был вынужден отказаться от своего требования. Он не пожелал вступить в прямую конфронтацию с губернатором Джорджии, который пригрозил, что в случае федерального вмешательства в дела его штата он призовет милицию противостоять регулярной армии. Именно тогда возник первый призрак гражданской войны, которая вспыхнет через три с половиной десятилетия и которая в 20-е гг. не разразилась, в частности, в результате примирительной позиции президента. В своем дневнике он признавал: «Мы причинили индейцам больше вреда после революции, чем французы и англичане до нас. Мы совершили страшный грех».
В основном неудачи преследовали президента Адамса в области внешней политики, которую он столь успешно проводил на прежних своих постах. Правда, были достигнуты некоторые конкретные договоренности с Великобританией относительно уточнения пограничной линии между штатом Мэн и Канадой. Однако столь важный вопрос, как торговые отношения с Великобританией, оказался почти на нуле в результате того, что обе стороны вводили все новые таможенные тарифы, носившие, по существу дела, запретительный характер.
В результате саботажа со стороны Конгресса закончилась неудачей попытка Адамса включиться в панамериканское движение на базе доктрины Монро путем участия в межамериканской конференции, которая была созвана в городе Панама в июне — июле 1826 г. Конференция проводилась по инициативе Симона Боливара, руководителя национально-освободительного движения в испанских колониях, который считался национальным героем Латинской Америки. Боливар и другие участники конференции стремились выработать единую политику по отношению к бывшей метрополии и надеялись заручиться поддержкой США. Адамс назначил делегацию, но в Конгрессе вначале отказались ее финансировать, а затем начались бесконечные дебаты о ее полномочиях, при соблюдении которых законодатели все же соглашались оплатить поездку. Тем временем конференция завершилась. США оказались вне движения, охватившего как Южную и Центральную, так и часть Северной Америки. Адамс предполагал, что в Панаме США провозгласят в отношении Латинской Америки «политику доброго соседа». Из этой затеи ничего не получилось. Но само понятие политики доброго соседа было использовано через сто с лишним лет президентом Франклином Рузвельтом в качестве основы взаимоотношений государств континента.