Нашествие наполеоновской армии нанесло огромный ущерб Литве. В "Истории Литовской ССР" сказано: "Население сократилось на десятки тысяч человек. В одном из наиболее пострадавших уездов – Тракайском – погибло и умерло от эпидемий около 1/3 населения. Значительно сократилось поголовье скота. Было сожжено много домов, много уничтожено инвентаря. Материальный ущерб, причиненный оккупацией только Литовско-Виленской губернии, достигал 19,3 миллиона рублей серебром. Восстановление края легло на плечи народных масс. Помощь правительства получили только некоторые помещики".
Другим следствием событий наполеоновского нашествия стало распространение идей, которые пришли с Запада . В "Истории Литовской ССР" указывается: "В 1812 году возобновили свою деятельность полулегальные масонские ложи. Они образовались в Вильнюсе и уездных городах Расейняй и Укмерге. В 1818 году было около 700 масонов. Крупнейшей ложей являлась вильнюсская "Усердный литовец"". Характеризуя идеологию "вольных каменщиков", авторы "Истории" писали: "Масоны, оценивая существующую действительность как царство зла, противопоставляли ей идеалы гуманизма и братства людей. Исходя из этого, литовские масоны формировали общественное мнение в духе нетерпимости к неволе, следовательно, и крепостному праву".
Вряд ли эту характеристику масонства можно признать достаточной. Противоречивость в деятельности масонов, сыгравших ведущую организационную роль во многих событиях Великой Французской революции и других общественных потрясениях в Западной Европе в конце XVIII века и начале XIX века, связана с тем, что тайная масонская организация с ее строгой иерархичностью и элитарностью, использовалась также для дворцовых интриг и переворотов. Не случайно среди масонов были и видные феодальные вельможи и даже монархи западноевропейских стран. Масонские ложи всегда открывали большие возможности захватывать власть либо путем умело организованных революций, либо с помощью тайных верхушечных заговоров.
Эти противоречивые черты масонства отразились и в деятельности тайных обществ тех представителей российского дворянства, которых впоследствии стали именовать декабристами. Выступая за ликвидацию феодальных порядков, декабристы вместе с тем были проводниками идеологии западноевропейского масонства с характерным для него тайной заговорщической деятельностью и иерархической элитарностью. Справедливо ставя вопрос о необходимости отмены крепостного права и других общественных преобразованиях в России, декабристы слепо подражали примерам Западной Европы. Их попытка свержения царской власти без опоры на народные массы была заранее обречена на поражение.
Близки к масонам были и члены литовского интеллигентского кружка "Общество шубравцев" ("прощелыг"), созданного в 1817 году врачем Якубом Шимкявичюсом. В "Истории Литовской ССР" сказано: "Политических стремлений шубравцы не декларировали, но находились под влиянием Адама Чарторыского, вынашивавшего планы присоединения литовских и белорусских губерний к автономному Королевству Польскому".
В 1817 году вильнюсскими студентами было создано тайное Общество филоматов (любящих науку), членом которого был поэт Адам Мицкевич. Филоматы выступали за изменение социального строя путем воспитания и просвещения. В "Истории Литовской ССР" говорится: "Вильнюсские тайные общества имели связи с польским "Патриотическим обществом", с его центром в Варшаве… Филоматы поддерживали связи с русскими декабристами". Более массовым была организация филоретов (любящих добродетель). Под влиянием этих обществ были созданы тайные организации среди учащихся средних школ Литвы.
Однако в 1822 году масонские организации и Общество шубравцев были запрещены, а в 1823 году были арестованы члены тайных организаций вильнюсской молодежи. 20 человек из них, включая А. Мицкевича, были отправлены в ссылку. Разгромлены были и ученические организации. Их членам были даны смертные приговоры, но затем казни были замены каторжными работами или солдатчиной.
Разгром тайных обществ не остановил бунтарские настроения и контакты интеллигенции Литвы с польской подпольной организацией "Национальное масонство", затем преобразованное в "Патриотическое общество".
После начала восстания в Польше в ноябре 1830 года, во главе которого стояло "Патриотическое общество", в Виленской губернии, в Белоруссии и части Украины было введено военное положение. Полиция арестовывал лиц, внушавших ей подозрение. Несмотря на это в январе 1831 года в Вильнюсе был создан Главный комитет для подготовки и руководства восстанием в Литве. Как сказано в "Истории Литовской ССР", комитет "главным образом состоял из оппозиционно настроенных помещиков… Он предпринял усилия для создания уездных комитетов и подготовки восстания на местах".