Однако, как отмечалось в "Истории Литовской ССР", "политика литовских повстанцев, их республиканские взгляды и даже стремление расширить права Литвы на самостоятельность были приняты с недоверием в самой Польше участниками восстания, придерживавшимися умеренных взглядов. Под давлением более консервативных участников восстания Т. Костюшко отстранил Я. Ясиньского от командования повстанцами Литвы и подчинил их общему руководству, которое опасалось литовского сепаратизма. 21 мая 1794 года Т. Костюшко упразднил Высший национальный совет Литвы и создал общий для Польши и Великого княжества Литовского Высший национальный совет.. С июня 1794 года военачальником повстанцев… стал присланный из Польши бездарный генерал М. Вельгорский".
Россия направила войска на подавление восстания. Сначала повстанцы вели упорные бои и даже теснили русские войска. Но летом 1794 года русские войска развернули наступление и 12 августа заняли Вильнюс. Силы повстанцев были рассеяны.
В октябре 1794 года войска под руководством А. Суворова разбили войска Т. Костюшко и заняли Варшаву. При защите Варшавы погиб Я. Ясиньский. В середине ноября повстанцы капитулировали.
Тем временем Россия, Пруссия и Австрия приступили к переговорам о третьем разделе Речи Посполитой. Договоренность была достигнута в августе 1795 года. Россия заняла западнобелорусские земли бывшего Великого княжества Литовского. Литва (за исключением Занеманья, которое перешло к Пруссии) была присоединена к России. Пруссия и Австрия разделили оставшуюся территорию Польши.
"История Литовской ССР" гласит: "Речь Посполита как государство распалось. Бывшая ее провинция – Великое княжество Литовское – вошла в состав многонациональной Российской империи… Находясь в составе России с ее огромным рынком, Литва вступала в полосу экономического подъема, а литовский народ постепенно втягивался в общероссийскую борьбу за социальный прогресс… Литовское крестьянство боролось как против местных "своих" дворян, так и против системы крепостничества царской России в целом… Верхушка литовского дворянства быстро сговорилась с аристократией России… Однако традиции общей польско-литовской государственности оказывали еще сильное влияние на большинство литовского дворянства".
Бунтующая Литва
О том, что литовское дворянство было не удовлетворено последствиями разделов Речи Посполитой, свидетельствовала его реакция на создание Наполеоном в 1807 году Варшавского герцогства из польских земель. Образование этого государства, являвшегося вассалом Франции, вызвало надежды среди части литовского дворянства на восстановление Речи Посполитой. Те же круги дворянства Литвы, которые ориентировались на Россию, увидели в Варшавском герцогстве пример для воссоздания Литовского автономного государства в пределах России. В 1811 году князь М. Огиньский, князь К. Любецкий и граф Л. Плятер представили Александру I проект "Положения о правлении автономным Великим княжеством Литовским", которое должно было включать Виленскую, Гродненскую, Минскую, Витебскую, Могилевскую, Подольскую, Волынскую, Киевскую губернии, а также Белостокскую и Тернопольские области.
Император французов учитывал эти настроения верхов Литвы, на землю которой он вошел в первые же минуты после нападения на Российскую империю: 24 июня 1812 года Наполеон во главе Великой армии перешел Неман в районе Каунаса. 28 июня император вошел в Вильнюс, где остановился на 19 дней.
Во время своего пребывания в столице Литвы Наполеон 1 июля создал Временную правительственную комиссию Великого княжества Литовского во главе с С. Солтаном. Фактически же власть находилась в руках назначенного французами губернатора Литвы ван Хогендропа (Гогендропа).
Сразу после своего создания Временная правительственная комиссия начала переговоры с представителями Варшавского герцогства о возобновлении унии. 14 июля в вильнюсском Кафедральном костеле польско-литовская уния была торжественно провозглашена.