Главной же отрицательной стороной присоединения к России было то, что по сути ничего не изменилось в угнетенном положении подавляющего большинства местного населения. Этому не в малой степени способствовало покровительство немцам Петра I, а затем и его наследников. Уже при Петре I, а еще в большей степени при его наследниках, остзейские дворяне заняли видное положение при русском дворе. Особенно вопиющие формы приняло засилье немцев в правительстве России в период "бироновщины" (1730 – 1740 гг.), когда фаворитом императрицы Анны Ивановны, бывшей герцогини Курляндии, был курляндский дворянин Эрнст Иоганн Бирон. Являясь фактическим правителем России, Бирон поставил на видные посты немцев Шемберга, Остермана, Минниха, Менгдена и многих других. Но и после падения Бирона, остзейские дворяне сохранили видное место в руководстве России. Они использовали свое положение для покровительства немецкому меньшинству в Эстляндии и Лифляндии.
Еще при капитуляции Риги и Ревеля Петр I утвердил привилегии, по которым полноправными гражданами в городах признавались лишь лица немецкого происхождения. В "Советской исторической энциклопедии" говорилось, что "рыцарство получило в 1710 и 1712 годах подтверждение своих сословных привилегий… Укрепился "особый порядок", немецкое дворянство сосредоточило в своих руках административную, судебную и административную власть, влияло на церковные и школьные дела. Все местные вопросы решались на собраниях дворян – ландтагах".
Торговля и промышленность осталась в руках остзейских немцев. Сохранялась цеховая организация, установленная еще во времена Ливонского ордена. Как отмечалось во "Всемирной истории", "в крупных городах, например, в Риге и Ревеле, ремесленные цехи объединялись в Малую гильдию, в которую не допускались эстонские, латышские и русские ремесленники. Немецкое купечество объединялось в особую Большую гильдию, которая также вела упорную борьбу с торговцами ненемецкого происхождения. Городское самоуправление полностью находилось в руках немногочисленного немецкого магистрата. Латыши и эсты составляли основную массу бесправного люда – домашней прислуги, поденщиков и т.п. Обычно они сами или их предки являлись беглыми крепостными".
Как и во времена шведского владычества, крестьяне подвергались жестокой эксплуатации. Во "Всемирной истории" подчеркивалось: "Рост товарного производства сопровождался усилением барщины. Телесные наказания крепостных стали повседневным явлением. Представитель лифляндского дворянства ландрат Розен отождествлял крепостных с древнеримскими рабами. Он утверждал, что в Лифляндии крепостной и его имущество является неограниченной собственностью помещика. К середине XVIII века этот взгляд получил общее признание во всех местных административных и судебных учреждениях. Крепостничество в прибалтийских губерниях приняло еще более суровые формы, чем в остальной России".
Положение крестьян ухудшилось после введения подушной подати. В ответ в Лифляндии и Эстляндии в 1783 – 1784 годах вспыхнули крестьянские восстания. Особую ненависть вызывали у крестьян немецкие помещики. Немецкий писатель Петри, проживавший в Прибалтике, писал: "Ввиду повседневного выражения ненависти и презрения к немцам и помещикам приходится опасаться смут и мятежей, так как в подобном случае ни один немец не уйдет живым".
В то время как Лифляндия и Эстляндия фактически с 1710 года пребывали в составе Российской империи, Литва продолжала оставаться в пределах Речи Посполитой. Как и для народов Эстляндии и Лифляндии, Северная война нанесла немалый урон для Литвы. Если в конце века население Литвы составляло 2,8 миллионов человек, то к концу Северной войны оно сократилось до 1,8 миллионов. В "Истории Литовской ССР" говорится: "Люстрация государственных земель 1738 года фиксировала страшное опустошение края. Деревни и города пустовали. Оставшиеся убогими люди, не могли расширять свои запашки. Кроме того, крестьяне еще не проявляли интереса к освоению пустующих земель. Большие семьи (родители и взрослые сыновья со своими женами и детьми под отцовской крышей) не стремились к разделу и созданию новых хозяйств. Дворяне были вынуждены временно идти на компромисс – на льготных чиншевых условиях предоставлять пустующую землю крестьянам".
В то же время "торговая деятельность крестьян ограничивалась. Крестьян обязывали продавать продукты своего труда в местечках, имевших торговое право. Импортные товары первой необходимости – соль, сельдь, изделия из металлов – продавались крестьянам по принудительным ценам. Право пропинации (производство и продажа водки) принадлежало только лишь дворянскому сословию. Дворянам же шли и частные таможенные сборы у сплавных рек и торговых дорог. После Северной войны в небольших городах и местечках началось массовое поселение евреев. Феодалы использовали их как откупщиков феодальных привилегий. Сокращение ремесленного производства и торговли ослабляло самоуправление городов, они попадали во всю большую зависимость от феодалов".