Хотя в последующие годы крестьяне Курляндии, Лифляндии и Эстляндии не раз поднимались на борьбу против помещиков, их выступления никогда не перерастали в восстания такого масштаба, какими были восстания в Литве и Польше 1830 – 31 и 1863 – 64 гг.. В свою очередь власти обычно не прибегали к жестоким карательным мерам для подавления волнений, а старались их погасить или предотвратить соответствующими законодательными мерами.
Как и в течение большей части XVIII века, эти губернии, избавленные, наконец, от череды непрерывных войн, продолжали мирно развиваться. Их население уверенно увеличивалось. Так, население Эстонии, которое с середины XVI века до 20-х годов XVIII века не увеличилось, оставаясь на уровне 280 тысяч, достигло к концу XVIII века около 500 тысяч человек, 723 тысяч в 1863 году, 881,5 тысяч в 1881 году и 985,8 тысяч в 1897 году. Также быстро росло и население Латвии.
Прирост населения отражал рост благосостояния населения, чему в немалой степени способствовали крестьянские реформы, которые в Лифляндии и Эстляндии были проведены значительно раньше, чем в Литве и остальной Российской империи. Уже в 1802 году Александр I утвердил принятое эстляндским ландтагом законоположение по крестьянскому вопросу – крестьянский регулятив. По нему за крестьянами закреплялось право собственности на часть их движимого имущества. (Правда, помещики сохранили за собой право переселять крестьян, а порой лишать их земельных участков.) В 1804 году были приняты новые крестьянские законы для Эстляндии и Лифляндии, которые нормировали повинности крестьян в зависимости от количества и качества земли.
Вскоре после завершения Отечественной войны Александр I в 1816 году принял "Положение о эстляндских крестьянах", а в 1819 году "Положение о лифляндских крестьянах". За 40 с лишним лет до отмены крепостного права по всей России, крестьяне Эстляндии и Лифляндии обрели личную свободу. Правда, вся земля оставалась в собственности помещиков и крестьяне могли ее лишь арендовать.
Ликвидация крепостного права способствовала развитию сельского хозяйства. Начался переход к многополью, увеличивались посадки новых культур (картофель и клевер), развивалось скотоводство, винокурение (из картофеля).
Правда, рост товарности помещичьих хозяйств сопровождался усилением эксплуатации крестьян. Как и прежде классовый гнет сопровождался с национальным. В результате этого, как отмечал историк Ниголь Андерзен: "начиная с 1840 года, среди крестьян южной Эстонии происходили брожения, принимавшие форму стремления к православию". В Южной Эстонии до 17% крестьян приняло православие. В 40-х годах в Лифляндии православие приняли 75 тысяч крестьян.
Подлинной целью смены конфессии, считал Н. Андерзен, являлось "наивное… стремление вместе с "немецкой верой" сбросить с себя и зависимость от немецких помещиков". Но помимо чисто символического освобождения от религиозного единства с их вековыми угнетателями, были очевидно и практические цели такой смены веры.
Во-первых, переход в православие облегчал интеграцию эстонцев и латышей в российское общество, их переселение в другие части России. "Эстонцы массово переселяются в Россию, а именно— в Петербург и Псковскую губернию», – констатировал без особого беспокойства по этому поводу видный эстонский просветитель Якоб Хурт, добавляя, что «земля… от этого, надо сказать, не захирела". (Не исключено, что многие из тех, кто затем в 60— 80-е годы XX века переехали в Эстонию из Псковской области и рассматривались как «мигранты», были потомками коренных эстонских крестьян.)
Во-вторых, как отмечали западные историки – выходцы из Прибалтики Р. Мисиунас и Р. Таагепера, "распространение русской православной веры оказалось весьма успешным среди крестьянства в ряде округов, и это явилось противовесом для лютеранской церкви, в которой господствовали немцы. Соревнование между двумя церквами способствовало расширению публикаций на латышском и эстонском". Власти гораздо охотнее поддерживали публикацию православной литературы на этих языках, чем распространение протестантских изданий на немецком.
В-третьих, принятие православия было свидетельством лояльности к существовавшему строю, особенно заметной на фоне бунтарства католиков в Польше и Литве. Характерно, что даже во время волнений крестьяне Лифляндии, в отличие от крестьян Польши и Литвы, не занимались физическим уничтожением полицейских и солдат, а обращались со смиренными посланиями к царю. Так в ходе крестьянских выступлений на юге Эстонии (в Лифляндии) в 1864 году в петициях царю выдвигались предложения об упразднении власти немецких помещиков над местными крестьянами, о свободе передвижения крестьян, о применении в Лифляндии единых законов Российского государства в отношении Эстляндии и Лифляндии, о светском обучении и преподавании русского языка в школах.