Не удивительно, что российское правительство все более благосклонно рассматривало проблемы православных эстонцев, латышей и латгальцев в их противостоянии против помещиков-немцев, придерживавшихся лютеранства, и польских помещиков-католиков в Латгалии. В 1849 году был опубликован временный закон о лифляндских крестьянах, который позволял продажу им земли. Р. Мисиунас и Р. Таагепера, утверждали, что "политика, проводившаяся царским правительством, была направлена прежде всего против местных элит и таким образом невольно способствовала появлению новых крестьянских наций.. Была повернута вспять тенденция, которая господствовала в течение пяти веков".
Новым свидетельством стремления царского правительства покончить с господством немцев в крае стал закон 1866 года о волостном управлении, избавивший крестьян от мелочной опеки со стороны власти баронов. Были осуществлены и реформы в управлении городами, цеховой организации. Политика правительства невольно способствовала ликвидации монопольного положения немцев в городах Прибалтики. Как отмечали Р. Мисиунас и Р. Таагапера, "упразднение принудительного членства в гильдиях среди городских ремесленников позволило эстонским и латвийским крестьянам селиться в городах, где до сих пор господствовали немцы".
Между тем города в Эстляндии, Лифляндии и Курляндии бурно росли и развивались. С 1863 году по 1897 год городское население в трех прибалтийских губерниях почти утроилось с 209,7 тысяч человек до 605,4 тысяч.
Рост городского населения сопровождался быстрым увеличением промышленных предприятий. В 20-х – 30-х годах XIX века в Эстляндии были основаны крупные фабрики (Нарвская в 1822 г., Хийц-Кярдлаская в 1829 – 31 гг., Синдиская в 1834 г., Тартуская в 1839 г.). В 1857 году в Нарве была основана Кренгольмская мануфактура. Во второй половине века в Таллине возникли крупные машиностроительные заводы (Виганд в 1859 г., Крулль в 1865 г., железнодорожные мастерские в 1870 г., Лаусман в 1881 г..) В Эстляндии появилась цементная промышленность. Таллин превратился в крупный порт России, занявший 4-е место в империи по внешнеторговому обороту. Важным портом по экспорту льна стал Пярну. Прибалтийские порты Прибалтики теперь были связаны с внутренними районами России железнодорожной сетью.
Быстро развивалась промышленность в Лифляндии, особенно в Риге, превратившейся в один из важнейших центров внутренней и внешней торговли России. Через Рига шла половина экспорта льна России, значительная часть вывоза пеньки, хлеба и лесных материалов. Очевидно, что через Ригу шел поток основных предметов традиционного российского экспорта. В Риге было сосредоточено 70% промышленного производства Латвии.
Опираясь на поддержку местного немецкого баронско-юнкерского капитала, в Прибалтике укреплялись германские компании. Во второй половине XIX века в Эстонии были построены целлюлозно-бумажные, цементные, стекольные, фанерные и другие заводы, винокуренные предприятия, созданы лесопильни, торфоразработки, принадлежавшие зарубежным немцам. В Риге строились металлообрабатывающие, вагоностроительные и химические предприятия с участием германского капитала.
В то же время по мере роста городов и промышленности в Эстонии и Латвии происходило увеличение численности эстонцев и латышей в городском населении. В 1871 году более 50 процентов населения Таллина уже составляли эстонцы, а к 1897 году их доля достигла 63% (немцы составляли 16% населения Таллина, русские также 16%). В эти же годы доля латышей в Риге возросла с 23 до 42%.
Р. Мисуинас и Р. Таагапера писали: "Урбанизация сопровождалась расширением образования на родных языках. К концу XIX века эти балтийские провинции (Лифляндия, Курляндия, Эстляндия) были уникальны в Российской империи тем, что в них фактически была ликвидирована неграмотность".
XIX век был отмечен в Эстонии и Латвии подъемом национальных культур и национального самосознания народов этих стран. В 1820 году вышла в свет первая эстонская газета. Появляются первые произведения молодой эстонской литературы. Н. Андрезен писал: "Студент Кристоян Як Петерсон… написал ряд стихотворений, прославляющих природу Эстонии и эстонский язык… Учитель Суве Ян… печатал рассказы о дружественном русском народе и о героизме солдат-эстонцев, участвовавших в русской армии".
В первой половине XIX века развернулась просветительская деятельность К.Я. Петерсона, Ф.Р. Фельдмана и Ф.Р. Крейвальда. В 1857 году И. В. Янсен стал издавать популярную газету "Перно Постимеэс". В 1869 году в Тарту состоялся первый всеэстонский певческий праздник.