В марте 1944 года эстонскими политиками был создан Национальный Комитет Эстонской Республики во главе с Йюри Улуотсом.
20 апреля 1944 Улуотс был назначен временно исполняющим обязанности президента Эстонской республики.
В сентябре 1944 года, во время отступления фашистских войск из Таллина, Улуотс назначил премьер-министром Отто Тиифа, поручив ему сформировать правительство независимой Эстонии. Но это правительство просуществовало всего два дня.
Часть членов правительства Тиифа покинула Таллин до прихода советских войск, а оставшиеся в эстонской столице министры были арестованы НКВД. Был арестован и Отто Тииф, а Военная коллегия Верховного суда СССР приговорила его к десяти годам заключения. После отбытия заключения в Казахстане он вернулся в Эстонию в 1955 году.
А вот Йюри Улуотс, призывавший приложить все силы для борьбы с наступающими войсками Красной Армии, бежал в Стокгольм, где так называемое «правительство в изгнании» продолжало действовать до официальной передачи полномочий президенту независимой Эстонии Леннарту Мери в 1992 году.
22 сентября 1944 года в Таллин вошли подвижная группа 8-го Эстонского стрелкового корпуса (соединения Красной Армии) и передовые отряды 8-й армии маршала Л. А. Говорова. В девять вечера того же дня штаб 8-й армии сообщил в военный совет Ленинградского фронта о занятии Таллина.
25 сентября 1944 года власть в Таллине перешла в руки правительства Эстонской ССР, вернувшегося из эвакуации.
Официальная эстонская историография утверждает, что не советские войска освобождали Таллин. Якобы когда Красная Армия вошла в город, там уже развевался флаг Эстонии. Якобы к моменту вступления Красной Армии в эстонскую столицу власть там принадлежала уже не немцам, а национальному демократическому правительству Отто Тиифа. Символом независимости Эстонии был сине-черно-белый триколор, который реял на башне Длинный Герман. Только вот при этом забывается, что эстонский триколор и до того соседствовал на Длинном Германе с флагом фашистской Германии. Просто фашисты такому соседству не противились, а освободившие Таллин советские солдаты сбили с башни оба знамени – и флаг нацистов, и флаг их пособников.
Общее число гражданских лиц, погибших в Эстонии вследствие первой советской оккупации, можно оценить примерно в 24 тысячи человек, а в период немецкой оккупации – в 9 тысяч человек, тогда как около 800 человек стали жертвами советских бомбардировок. Общие потери Эстонии можно оценить в 65,8 тысяч погибших, причем на жертвы среди военных приходится около 32 тысяч человек (22 тысячи – в Красной Армии и 10 тысяч – в немецкой).
Тем не менее, тем фактом, что немцы покинули город еще до прихода советских войск, воспользовалась группа местных коллаборационистов, и «правительство Эстонии» провозгласило нейтралитет страны, что выглядело достаточно странно, поскольку в годы нацистской оккупации практически те же люди активно агитировали эстонцев идти на службу к немцам.
По данным электронной энциклопедии «Кругосвет», за время войны погибли около 80 000 и эмигрировали 70 000 жителей Эстонии. Эстония потеряла примерно 5 % довоенной территории и 6 % довоенного населения.
После окончания немецкой оккупации на территории Эстонии были восстановлены органы коммунистической партии и советской власти. В 1944–1950 гг. все органы местного самоуправления были распущены и повсюду заменены административными органами «по советскому образцу». Завершилась начатая до войны национализация.
Насильственная коллективизация спровоцировала вооруженное сопротивление «лесных братьев». Бывшие полицейские и ополченцы отрядов самообороны, а также служащие оккупационной администрации и идейные противники советской власти ушли в леса. Впрочем, до весны 1945 года «лесные братья» не предпринимали сколько-нибудь заметных акций. Это были группы по 5–10 человек, с которыми были связаны по несколько десятков «пособников» из числа местного населения. Тем не менее, советское командование и новое правительство Эстонии сосредоточили для борьбы с антисоветским подпольем значительные силы.