Была введена двухпалатная парламентская система: Государственная дума, члены которой избирались на пять лет, и Государственный совет, состоящий из 40 членов, четверть из которых назначалась лично президентом.
Таким образом, Эстония стала не парламентской, а президентской республикой.
Как уже говорилось, 23 августа 1939 года между Германией и СССР был заключен Договор о ненападении (пакт Молотова – Риббентропа). Согласно секретному дополнительному протоколу к договору, как мы уже знаем, Эстония включалась в сферу интересов Советского Союза.
После начала Второй мировой войны и вторжения армий Германии и СССР в Польшу, 24 сентября 1939 года министр иностранных дел СССР В. М. Молотов в ультимативной форме потребовал заключения пакта о взаимопомощи, который также «обеспечивал бы Советскому Союзу права иметь на территории Эстонии опорные пункты или базы для флота и авиации». Эстонское правительство вынуждено было 28 сентября заключить такой пакт, предусматривавший размещение на территории Эстонии советских военных баз и 25-тысячного воинского контингента.
Особенность прибалтийских наций заключалась в том, что культурно и исторически они не были готовы к поглощению Германией или Россией. Но нельзя отрицать и огромное влияние прибалтийских немцев, этого сильного меньшинства в Эстонии и Латвии до 1917 года. Многовековая немецкая культурная доминанта, очевидно, была одной из причин сохранения Эстонией и Латвией их уникальной культуры в составе Российской империи. Россия не могла их «приобщить к цивилизации», например, через внедрение русского языка, поскольку они уже познали не менее могучую немецкую цивилизацию <…> Можно сказать, что прибалтийские нации, по меньшей мере, Эстония и Латвия (история Литвы больше связана с некогда могущественным союзом Королевства Польского и Великого княжества Литовского) развились благодаря использованию исторически сложившегося соперничества между Германией и Россией в этом регионе.
16 июня 1940 года Молотов вручил эстонскому послу ноту, в которой потребовал немедленного ввода в Эстонию дополнительного контингента советских войск численностью 90 000 человек и смещения правительства, угрожая в противном случае оккупацией Эстонии.
После разгрома польской армии в сентябре 1939 года Москва предъявила ультиматум Финляндии и трем странам Балтии, требуя разрешить создание на их территории советских военных баз. Финляндия, как известно, отказалась, в результате чего началась Зимняя война, за что СССР исключили из Лиги Наций. Но правительства стран Балтии осенью 1939 года приняли заверения Советского Союза о сохранении их независимости и разрешили создать на своей территории временные военные базы.
Правительству ничего не оставалось, как принять этот ультиматум.
17 июня 1940 года в Таллин вступили советские войска. И что характерно, их вступление проходило в цивилизованной, спокойной и даже приветливой со стороны населения обстановке.
Одновременно на рейде встали корабли Балтийского флота, и был высажен морской десант. Советские военные продиктовали президенту Эстонии Пятсу состав нового правительства во главе с писателем Йоханнесом Варесом, писавшим под псевдонимом Барбарус. Фактически руководство страной осуществлялось посольством СССР. Начались аресты и депортации граждан Эстонской Республики.