Был сформирован Комитет спасения Эстонии, который объявил Эстонию независимой демократической республикой, нейтральной по отношению к российско-германскому конфликту. Комитетом было сформировано Временное правительство Эстонии, в котором Яан Поска стал заместителем премьер-министра и министром юстиции.
К 4 марта все эстонские земли были полностью оккупированы немцами. По условиям Брестского мира, РСФСР отказалась от своих прав на оккупированные Германией территории Прибалтики. Германские оккупационные власти не признали независимость Эстонии и установили в крае военно-оккупационный режим.
Осенью 1918 года в Германии началась революция, приведшая к свержению монархии.
11 ноября 1918 года между воюющими странами был подписан Компьенский мир, означавший окончание Первой мировой войны. В соответствии с условиями договора, Германия была обязана вывести войска со всех оккупированных земель.
После поражения Германии при содействии британских спецслужб само себя сформировало проантантовское Временное правительство Эстонии под председательством Константина Пятса. Пятс, арестованный германскими властями, почти пять месяцев провел в концентрационном лагере в Польше.
Это Временное правительство повторно провозгласило создание суверенного Эстонского государства.
19 ноября представители Германии подписали со Временным правительством договор о передаче последнему всей власти в стране. В свою очередь, Ревельский Совет рабочих депутатов обратился за поддержкой к правительству Советской России.
29 ноября 1918 года части советской 7-й армии, в том числе и красные эстонские полки, заняли Нарву. Немцы, отступая, взорвали за собой один из железнодорожных мостов, а малочисленные эстонские части не смогли далее удерживать город.
В боях за Нарву погибли около 80 солдат эстонских подразделений Красной Армии. В числе погибших был и Яан Сихвер – организатор и член Реввоенсовета красных эстонских полков и член ЦК эстонских секций РКП(б).
После взятия Нарвы была провозглашена Эстляндская трудовая коммуна, просуществовавшая 52 дня.
В ее состав вошли Яан Анвельт, Виктор Кингисепп, Эдуард Отто, Ханс Пегельман, Йоханнес Мяги и еще четыре человека.
Правительство РСФСР декретом от 7 декабря 1918 года признало независимость Эстляндской трудовой коммуны.
В это время советские войска возобновили наступление, и к январю 1919 года Красная Армия заняла 2
/3 территории Эстонии.Однако потом началось совместное контрнаступление вооруженных сил Эстонской республики и белогвардейцев под командованием генерала Н. Н. Юденича. На стороне Эстонии выступили также британский флот в Финском заливе и иностранные добровольцы из Швеции и Финляндии.
В результате контрнаступления 19 января была отбита Нарва, а в феврале части Эстляндской трудовой коммуны и Красной Армии были вытеснены за пределы губернии. Совет Коммуны еле успел спастись и 5 июня 1919 года объявил о самороспуске.
Профессиональный революционер Виктор Кингисепп был позднее арестован и приговорен к смертной казни. Его расстреляли в ночь на 4 мая 1922 года в лесу возле озера Юлемисте, а его труп был утоплен в Балтийском море.
Впоследствии несколько эстонских красных полков, ранее подчинявшихся Совету Эстляндской трудовой коммуны, сражались на фронтах Гражданской войны в России против армий Колчака и Юденича, а также против войск Эстонской республики, захвативших часть территории Петроградской губернии России.
Эстонская армия приняла участие и в боях на псковском направлении в мае 1919 года: 25 мая она овладела Псковом. Но наступление на Петроград окончилось для нее неудачей.
Важным событием 1919 года в истории борьбы за независимость стала победа эстонской армии под командованием генерал-майора Эрнеста Пыддера под латвийским городом Цесис (эстонское название – Вынну) в походе эстонской армии на Ригу 20 июня – 3 июля 1919 года. Итог похода – восстановление правительства Латвии во главе с Карлисом Улманисом (подробнее об этом было рассказано выше).
2 февраля 1920 года между РСФСР и Эстонской республикой был заключен мирный договор, которым обе стороны официально признали друг друга. Это был первый международный договор между двумя государствами. По сути, Эстония освободилась от всех обязательств перед Россией, а Россия обязалась вернуть эвакуированное из Эстонии имущество. Эстония также получила 15 млн золотых рублей из золотого запаса России.