Обстановка усложнилась и тем, что контрреволюционные банды изменника Григорьева в мае захватили часть территории юга Правобережной Украины, устремились на Екатеринослав. 10 мая григорьевцы ворвались в Кривой Рог, начали громить органы Советской власти. Партийная организация в подполье создала для борьбы с контрреволюцией Первый Криворожский Коммунистический полк. Советское правительство послало для разгрома банд Григорьева группу войск под командованием Пархоменко А. Я.
История дороги хранит много славных имен чекистов, коммунистов и комсомольцев, погибших в боях с кулацкими и григорьевскими бандами. В местах, занятых григорьевцами, проходили массовые расстрелы коммунистов, комсомольцев и членов революционных Советов. Григорьевцы охотились не только за коммунистами, чекистами и активистами-железнодорожниками, они преследовали и их семьи.
12—15 мая 1919 года части Красной Армии и повстанческие отряды под командованием Пархоменко А. Я. разгромили григорьевские банды и освободили Екатеринослав. 22 мая освобожден Александровск, 23 мая — Кривой Рог. Бандиты были изгнаны и из других населенных пунктов.
В. И. Ленин в присланной телеграмме поздравлял с победой правительство и трудящихся Украины.
Но радость победы не была продолжительной. Летом 1919 года для молодой социалистической державы настал период жестокой борьбы с Деникиным. Обстановка на юге создалась тяжелая. Сказывались вызванные империалистической и гражданской войнами экономическая разруха, продовольственный кризис, тиф. Всё это осложняло деятельность партийных организаций и боевые действия вооруженных сил Советского государства. В. И. Ленин призвал весь советский народ на борьбу с Деникиным. По его рекомендациям в мае 1919 года было принято решение мобилизовать на Украине не менее 20 тысяч рабочих для пополнения войск Южного фронта. В Харькове и Екатеринославе решено провести поголовную мобилизацию.
Задание Ленина было выполнено. На 9 июня в Екатеринославской губернии направлено на фронт 10 тысяч рабочих. На борьбу с белогвардейскими полками пошла часть железнодорожников. Оставшиеся эвакуировали на север подвижной состав, железнодорожное и другое имущество.
Перед занятием белогвардейцами Екатеринослава руководство дороги остановилось сначала на станции Пятихатки. Из Пятихаток была направлена в Долгинцево оперативная группа под руководством Баглея Г. Н. Группа, эвакуировав подвижной состав и имущество, отправилась на станцию Долгинцево. Основная оперативная группа управления дороги 7 июля прибыла на конечную станцию дороги — Знаменку, откуда должна была направляться на Киев. Но в результате диверсионного акта, совершенного в ночь на 8 июля бандитами ближайшего села, часть руководящего состава управления дороги — комиссары служб тяги Дубина, движения — Завадский и другие были убиты, часть тяжело ранена, в том числе комиссары службы пути Белостоцкий и телеграфа Полторацкий, врач Булат и другие.
Вторая группа управления дороги со станции Користовка направилась с имуществом на Кременчуг и далее на север.
Группа, возглавляемая Баглеем Г. Н., с долгинцевской организацией железнодорожников сформировала партизанский отряд и с боями продвигалась в сторону Казатина — Житомира. Выйдя из окружения, она соединилась с Южной группой войск под командованием И. Э. Якира. Наиболее опытные железнодорожники остались на подпольной работе, другие работали каждый по своей специальности на железных дорогах Подмосковья и Севера.
27 июня деникинцы вторглись в Заднепровье, а на следующий день части Красной Армии оставили Екатеринослав. Враг свирепствовал. Патриоты усилили борьбу. Действовали партизанские отряды в районах железнодорожных узлов Екатерининской железной дороги — в Павлограде, Лозовой, Новомосковске, Знаменке. На огромной территории Екатеринославщины вели бои целые партизанские объединения.
Екатеринославский губпартком и штаб повстанческих войск организовали на железной дороге три боевых отряда по 20 человек в каждом. Народные мстители наносили деникинцам ощутимые удары. Они пустили под откос вражеский эшелон с боеприпасами на перегоне Чаплино — Ульяновка, вблизи села (теперь районного центра) Васильковка. Захвачены трофеи: около 3000 снарядов, 40 тысяч патронов, пулеметные ленты. Партизаны держали под своим контролем участок железной дороги Екатеринослав — Харьков. Деникинцы вынуждены были на этом участке отказаться от ночного движения поездов, значительно усилить их охрану. Движение здесь часто приостанавливалось на несколько суток.