Исполненная после 1927 года дальнейших компромиссов политика Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия, его канонически спорные претензии на право быть единоличным предстоятелем Русской Православной Церкви вызвали широкую оппозицию митрополиту Сергию среди многих авторитетных представителей церковной иерархии. Подвергая резкой критике политику митрополита Сергия как по отношению к коммунистическому государству, так и по отношению к внутренней церковной жизни, представители этой оппозиции высказывали различные точки зрения относительно деятельности Заместителя Патриаршего Местоблюстителя. Так, Патриарший Местоблюститель св. митрополит Агафангел (Преображенский) и его единомышленники, признавая относительное первенство митрополита Сергия в церковной иерархии, каноничным главой которой оставался для них, как и для всех оппозиционеров, св. митрополит Петр, находившийся в заключении, считали возможным для себя исполнять лишь те распоряжения Заместителя Патриаршего Местоблюстителя, которые не будут смущать «народную религиозную совесть» и нарушать церковные каноны. Другой Патриарший Местоблюститель, св. митрополит Кирилл (Смирнов), и его весьма многочисленные сторонники, не отрицая благодатности церковной иерархии, которая признавала власть митрополита Сергия, разрывали с ним евхаристическое и каноническое общение как с узурпатором высшей церковной власти, поставившим церковную жизнь под контроль богоборческого государства. Наконец, митрополит Иосиф (Петровых) и его единомышленники, среди которых были свв. епископы Виктор (Островидов) и Серафим (Звездинский), были убеждены в неканоничности и безблагодатности всей церковной иерархии, поддержавшей политику митрополита Сергия. При этом никто из церковных иерархов, входивших в состав движения «непоминающих», В том числе и Патриаршие Местоблюстители свв. митрополиты Кирилл и Агафангел, не налагали церковных прещений на митрополита Сергия, в то время как сам митрополит Сергий, не имея на то никаких канонических оснований, с декабря 1927 года налагал церковные прещения на всех своих оппонентов из епископской иерархии, включая и самих Патриарших Местоблюстителей.
Трагические исторические обстоятельства, вызвавшие глубокие конфликты между представителями русской церковной иерархии в конце 1920 – 1930-х годов, их взаимные, подчас богословски и канонически необоснованные, слова и действия по отношению друг к другу, по мнению Синодальной Комиссии по канонизации святых, не дают возможность ставить канонизацию праведно проживших свою жизнь и принявших мученическую кончину священнослужителей и мирян в зависимость от их отношения к политике Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия. Исходя из этого, в период подготовки юбилейного Архиерейского Собора 2000 года Синодальная Комиссия по канонизации святых изучала для представления на рассмотрение Собора материалы к канонизации Новомучеников и Исповедников независимо от того обстоятельства, являлись ли они сторонниками или противниками митрополита Сергия. Именно поэтому в сонме святых Новомучеников и Исповедников Российских присутствуют как сохранявшие каноническое единство с митрополитом Сергием священнослужители и миряне, так и разорвавшие с ним каноническое и даже евхаристическое общение представители церковной иерархии и церковного народа, связанные со всеми упомянутыми выше направлениями движения «непоминающих».
Важнейшей особенностью гонений на Церковь являлось то обстоятельство, что арестовывавшиеся в 1920 – 1930-е годы священнослужители и миряне обвинялись, как правило, в политических преступлениях, и на следствии от них крайне редко требовали прямого отречения от Христа или конкретного отказа от церковного служения. Главной целью следователей было всеми средствами, в том числе и жесточайшими физическими и моральными истязаниями, заставить свои жертвы признать возводимые на них политические обвинения, назвав при этом как можно больше имен соучастников якобы совершавшихся ими преступлений. Поэтому не способность арестованного христианина исповедовать на следствии устами свою верность Христу, а его способность удержаться под пытками от признания инкриминировавшегося ему мнимого преступления и соучастия в нем невинных людей следует рассматривать как исполнение христианином своего главного нравственного долга перед Христом в условиях гонений этого периода времени. Именно на основании этого критерия Синодальная Комиссия по канонизации святых оценивала возможность представления к канонизации тех или иных материалов, касавшихся погибших и репрессированных священнослужителей и мирян. Естественно, что в случаях, когда тот или иной даже впоследствии погибший священнослужитель или мирянин являлся секретным сотрудником органов ГПУ-НКВД или активно сотрудничал со следствием даже под предлогом исполнения своего патриотического долга перед советской Родиной, вопрос о возможности его канонизации Синодальной Комиссией даже не рассматривался.