Одной из самых сложных и вместе с тем значимых канонизаций, которая была подготовлена Синодальной Комиссией по канонизации святых к Юбилейному Архиерейскому Собору 2000 года, стала канонизация царственных Страстотерпцев. История этой канонизации во многом позволяет представить, насколько сложная и всесторонняя работа требуется от членов Синодальной Комиссии по канонизации святых при подготовке материалов для канонизации не только исторически безвестных, но и запечатлевших себя в истории чад Русской Православной Церкви, деятельность которых не получила должной оценки в жизни современного российского общества.
На протяжении всего советского периода личности последнего Российского Государя и членов его семьи в широко тиражировавшейся академической и пропагандистской литературе являлись предметом самых недобросовестных, порой просто кощунственных «исторических» инсинуаций. Именно эта литература во многом определяла представление о семье последнего Государя в сознании наших соотечественников, как чуждых церковной жизни, так и воцерковленных. Подчас некоторые принимали с доверием созданный советской пропагандой демонизированный образ «Николая Кровавого», а иные были склонны противопоставлять ему диаметрально противоположный в своей идеализации «советскому», но порой столь же далекий от исторической реальности мифологизированный образ «ритуально умученного жидами-сатанистами царя-Искупителя». Таким образом, в отличие от канонизации подавляющего большинства Новомучеников и Исповедников, когда Синодальной Комиссии по канонизации святых приходилось лишь доносить до церковных людей и всего российского общества неведомую им еще недавно правду об убиенных подвижниках Русской Православной Церкви ХХ века, при канонизации Царственных страстотерпцев Комиссия должна была наряду с донесением исторической правды о них попытаться помочь как воцерковленным, так и далеким от церкви нашим соотечественникам преодолеть десятками лет складывавшиеся у них «черные» и «белые» пропагандистско-идеологические мифологемы и стереотипы о последнем российском Государе и членах его семьи. А ведь именно убежденное в собственной правоте полу-или псевдознание является гораздо более трудным препятствием для любой просветительской деятельности, нежели простое, непредубежденное незнание.
Еще одним существенным обстоятельством, которое требовало нарочито деликатного отношения Синодальной Комиссии по канонизации святых к изучению вопроса о канонизации Царственных страстотерпцев, являлась канонизация Царской семьи, происшедшая в 1981 году в Русской Зарубежной церкви. При проведении этой канонизации в русском церковном зарубежье возникла достаточно серьезная полемика, а некоторые особенности этой канонизации, в частности, прославление царской семьи вместе с убиенными придворными и слугами, в том числе с лютеранкой Е.А Шнейдер и римо-католиком А.Е. Трупом, именно как мучеников, не могли считаться тогда историко-канонически обоснованными.
Отправной точкой работы Синодальной Комиссии по канонизации святых при подготовке канонизации Царственных страстотерпцев стало определение Архиерейского Собора З1 марта – 4 апреля 1992 года, поручавшее Комиссии «при изучении подвигов новомучеников Российских начать исследование материалов, связанных с мученической кончиной Царской семьи». Первоначальным этапом работы Синодальной Комиссии по канонизации святых над изучением вопроса о возможности канонизации Царственных страстотерпцев следует считать период, который продолжался до конца 1994 года, когда председатель Комиссии Высокопреосвященный митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий представил членам Собора в своем докладе основные принципы и критерии работы Комиссии по данному вопросу. После одобрения Архиерейским Собором сформулированных Синодальной Комиссией по канонизации святых методов ее исследования вопроса о возможности канонизации Царственных страстотерпцев она продолжила свою работу, которой суждено было завершиться на заседании Комиссии 25 сентября 1996 года, где были сформулированы окончательные выводы по данному вопросу.
Уже на первоначальном этапе работы Синодальной Комиссии по канонизации святых из всего многообразия церковно-исторических и политических проблем, ждавших царствование последнего российского Государя и активно обсуждавшихся в то время в церковной и светской печати именно в контексте возможности его канонизации, были выделены принципиально значимые для канонизации и наиболее дискуссионные проблемы. По каждой из этих проблем тот или иной член Комиссии должен был представить соответствующий доклад, который после обсуждения его на заседании Комиссии принимался ею в качестве официального заключения Синодальной Комиссии по канонизации святых по данной проблеме.