С 1996 г. РГО издает ежеквартальный журнал «Здравый смысл» («журнал скептиков, оптимистов и гуманистов») при содействии Исследовательского центра и Совета по секулярному гуманизму (Амхерст, США), философского фак-та МГУ, Российского философского общества, Общероссийского общественного движения «За здоровую Россию». В 2000 г. №15 журнала был полностью посвящен «новому российскому атеизму». РГО издало книги Курца «Запретный плод: Этика гуманизма» (М., 1993) и Кувакина «Твой рай и ад: Человечность и бесчеловечность человека» (СПб.; М., 1998).
К концу 90-х гг. деятельность сторонников «нового русского атеизма» начала приобретать политические формы. В апреле 2001 г. АТОМ провел пресс-конференцию под названием «Нет мракобесию в XXI веке», на которой была представлена декларация «В защиту свободы совести и светского государства». В этом документе «новые русские атеисты» выразили «глубокую тревогу по поводу нарастания в Российской Федерации проявлений клерикализма, в особенности со стороны РПЦ». Под текстом декларации подписались 150 чел.: академики РАН Гинзбург, В.Н. Страхов и Е.Л. Фейнберг, правозащитник С. А. Ковалёв, депутат Гос. Думы В. Семёнов, политологи и журналисты А. Бузгалин, Б. Кагарлицкий и др. Несмотря на активность (РГО, напр., участвовало в ноябре 2001 в Гражданском форуме), постсоветское атеистическое движение еще не выработало единой идеологии и не приобрело силу общественно значимого движения, но уже стало общественно заметным явлением.
Общим проектом российского постсоветского атеистического движения стал открывшийся в Москве в феврале 2001 г. общедоступный субботний лекторий «Академия свободомыслия», созданный усилиями АТОМ, Об-ва атеистов Подмосковья, Объединения исследователей религии, РГО и Молодежного университета современного социализма. Лекции читают известные исследователи А. и религиеведы (З. А. Тажуризина, Р. А. Лопаткин, Кувакин и др.) и молодые пропагандисты атеизма. В июне 2001 г. на «А-сайте» появился доработанный текст «Манифеста атеизма», в котором декларируется: «Атеизм является не «простым неверием в бога», а представляет собой мировоззрение, включающее в себя научные, моральные и социальные основания для отрицания существования бога и философию жизни без бога». В результате обсуждения «Манифеста» обнаружилось, что в современном атеистическом движении нет единого мнения по вопросу о том, является ли основой атеизма светский гуманизм (позиция «А-сайта» и РГО) или атеизм — более многообразное явление. Давно намечавшийся раскол оформился 10 нояб. 2001 г., когда часть исполкома АТОМ не согласилась с исключением Бордова (Warrax) из членов организации, полагая, что атеистическое общество должно быть терпимо ко всем формам атеизма, в т.ч. сатанистским, анархистским и большевистским.
Прошли дискуссии вокруг Закона о свободе совести (1997), по вопросам о социальной роли Церкви, возможности светского теологического образования и т.п. Они продемонстрировали сложный процесс осмысления в постсоветском обществе таких понятий, как «свободомыслие», «свобода совести», «светский» (по отношению к гос-ву и образованию), и обнаружили приверженность атеистическому мировоззрению многих современных, отечественных религиеведов и правозащитников. Это объясняется тем, что после краха «научного атеизма» как государственной идеологии большинство кафедр «научного атеизма» перепрофилировались в кафедры религиеведения и истории религий. В 1993 г. был утвержден стандарт подготовки бакалавра по образовательному направлению «Религиеведение», в 1996 г. — по специальности «Религиеведение». Методологический подход к формированию стандарта обнаружил атеистическую ангажированность разработчиков (напр., «свободомыслие» понимается исключительно как «богоборчество, религиозный индифферентизм, скептицизм, нигилизм, антиклерикализм, атеизм и т.д».), что вызвало неоднозначную реакцию среди общественности. Одновременно в российском обществе развернулась дискуссия по вопросу о допустимости преподавания теологии в светских вузах.
События 90-х гг. XX в. показали, что в условиях формирования в России гражданского общества атеизм мимикрирует, приобретая новые формы и стремясь легализоваться как общественная сила.
РЕЛИГИЯ И НОВАЯ КУЛЬТУРА