Изначально инквизиторы были папскими чиновниками, а инквизиция была средневековым учреждением, которое в течение столетий с заметным успехом боролось против ереси. Лишь в более позднее время, когда уменьшилось духовное значение папы, она должна была опереться на государство, ища у него поддержки, и только в Испании она в результате коренного преобразования стала защитницей единства государства и инструментом государственного управления, чем-то вроде духовного гестапо. Испанская инквизиция, хотя и состояла в родстве с прежней папской инквизицией и произошла от нее, по своему духу принадлежала к централизованному миру с авторитарной властью, который не имел ничего общего со Средними веками. Те люди в Нидерландах, которые обращали внимание на что-либо подобное, постепенно стали спрашивать себя, не изменится ли инквизиция в их стране по испанскому образцу, а в 1550 году, когда Карл объявил, что отныне инквизиторы признаны имперскими чиновниками, которым каждый гражданин обязан оказывать помощь, тень испанской инквизиции дотянулась до их страны.
В том же году в список авторов, чьи сочинения были запрещены в Нидерландах, было добавлено еще одно имя – Жан Кальвин. Этот запрет уже сам по себе показывал, как быстро сильная, динамичная и хорошо организованная секта последователей Кальвина, которая в то время завоевывала целые области во Франции и уже имела свою теократическую республику в Женеве, укреплялась в Нидерландах. Кальвинизм был более суровым и более живучим, чем лютеранство, он не шел на компромисс с официальной церковью и официальным государством, и там, где это учение пускало корни, оно процветало; оно было неискоренимым и плодовитым, как одуванчик.
Тем временем репрессии Карла, кажется, вызывали больше сочувствия к их жертвам, чем было полезно для правительства. Это не было удивительно, поскольку сильные религиозные чувства в Нидерландах были только у сектантов, и вид людей, с радостью страдающих за чужеземную веру, сильно действовал на людей, которые никогда не чувствовали ни малейшего желания пострадать за свою. Позже король Филипп был вынужден запретить публичное сожжение нераскаявшихся еретиков. Лишь те, кто плакал и отрекался, могли умереть на глазах у толпы, гибель решительных и восторженных людей видели только их палачи.
Меньше чем через год после вступления на престол Филипп, вопреки мнению своих советников, сделал еще один шаг, а именно, ввел в Нидерланды новый религиозный орден – Общество Иисуса. Иезуиты были ударным отрядом Контрреформации, отрядами возрожденной и очищенной католической церкви, строгие формулировки учения для которой были за эти годы разработаны на долгих заседаниях Трентского (иначе, на латинский манер, Тридентского) собора. Еще до отъезда своего отца из Нидерландов Филипп по его совету разработал обширный и всесторонний план реорганизации нидерландской церкви. После отъезда самого Филиппа этот план держали в секрете, пока он не был обнародован в виде папской буллы через два месяца после вывода испанских войск. Четыре широко раскинувшихся нидерландских епископства, границы которых не совпадали ни с языковыми, ни с политическими границами этой страны, а иногда захватывали часть земель Германии, были преобразованы в восемнадцать примерно равных по площади округов с четкими границами и верховным руководством в Мехелене. Назначения в монастыри настоятелей и другие повышения в должности брала на себя королевская власть, и в будущем она собиралась давать эти должности только за достоинства и святость. Все эти решения были вполне приемлемы и достойны уважения; и в самом деле, трудно было оспорить такой прекрасный план в том, что касалось нидерландской церкви или духовного благополучия нидерландцев. Причины недовольства были, по крайней мере у части недовольных, связаны с личной выгодой, и почти у всех были политическими. Дворяне, которые долгое время считали, что лакомые должности в нидерландской церкви предназначены исключительно для их младших сыновей, были в ярости от этого покушения на свои привилегии. Что станет с их младшими сыновьями и лишними дочерьми, если те не будут иметь преимущества при назначении канониками и приеме в монастыри? Средний класс чувствовал такое же беспокойство, хотя и в меньшей степени: люди из этого слоя общества тоже имели выгоду от церкви. Но в первую очередь их тревожила скрытая опасность, угрожавшая сделать их жизнь труднее. Протестантизм в его лютеранской форме был очень распространен среди этих людей, а нидерландская церковь поддерживала с мирянами приятные неформальные отношения и закрывала глаза на такие мягкие формы ереси. Но если на все свободные места в церкви будут назначены молодые люди с суровыми лицами, доказавшие свою ортодоксальность, этому придет конец.