Первые корабли серии — «Адмирал Хиппер» и «Блюхер» — несли по 3 гидросамолета: два в одиночных ангарах и один — на катапульте. На тяжелых крейсерах устанавливалась катапульта завода «Дойче Верке» модели FL-22, имевшая угол поворота примерно 30 градусов на борт. Самолет на катапульте находился практически в боеготовом состоянии — с разложенными крыльями, но без топлива.
В ангарах самолеты хранились со сложенными назад крыльями на специальных тележках. Для подъема их на катапульту крыша ангара сдвигалась, и «Арадо» извлекался шлюпочным краном. Солидный боезапас — 4000 снарядов для 20-мм пушек, 31 500 патронов для пулеметов и 32 бомбы по 50 кг, а так же 4250 литров авиационного бензина размещались в специальных помещениях глубоко в корпусе корабля. Причем бензин, ввиду его высокой способности к воспламенению, хранился под «подушкой» из инертного газа (азота) во внешних отсеках под броневой палубой. Однако несмотря на все меры предосторожности, использование авиации с кораблей все время было сопряжено с риском пожаров и повреждений в бою или при неудачном старте. И все же германские тяжелые крейсера сохранили свои верные «Арадо» до конца карьеры. Более того, на «Ойгене» и последующих кораблях их число увеличилось, поскольку ангары стали двойными. Таким образом, «Принц Ойген» теоретически мог нести до пяти самолетов (4 в ангаре и 1 на катапульте), однако в боевых условиях полный авиакомплект принимался редко; обычно на кораблях этой серии одновременно находилось 2 или 3 гидросамолета. Каждый ангар имел 22 м в длину, 5,5 в ширину и 4,8 м в высоту, оборудовался сдвигающейся крышей и складывающейся боковой стенкой, которая в открытом состоянии давала доступ примерно к половине длины ангара. Первая пара, «Хиппер» и «Блюхер», оборудовалась популярным до войны устройством для подъема гидросамолетов — складным тентом Хейна. Для скоростного и довольно тяжелого «Арадо» он оказался бесполезным и практически не применялся на службе.
Энергетическая установка германских крейсеров несомненно являлась их «ахиллесовой пятой». Несчастливое решение, утвердившее для них турбины и котлы с высокими параметрами пара вместо высокоэкономичных дизелей, обрекло эти корабли на постоянные мучения, хотя задумывалось полностью обратное.
Одной из причин, приведших к выбору котлов с высокими параметрами пара, являлся их небольшой размер и, соответственно, вес. На «хипперах» использовались котлы двух типов: Ла-Монта (на самом «Хиппере» и «Принце Ойгене») и Вагнера (на «Блюхере»; такие же котлы предполагалось установить на «Зейдлице» и «Лютцове»). Главное отличие обеих марок заключалось в том, что в котле Ла-Монта применялись специальные насосы для прокачки воды через контур, тогда как в котле Вагнера применялась естественная циркуляция воды. На всех построенных крейсерах устанавливалось по 12 котлов, тогда как последняя пара, «Зейдлиц» и «Лютцов», должны были получить только 9, но большей производительности. Рабочая температура составляла 450°С, а рабочее давление несколько отличалось: оно составляло 85 атм. для установки «Хиппера», а на «Ойгене» и «Блюхере» было несколько снижено — до 70 атм. Параметры пара являлись очень высокими не только в сравнении с консервативными котлами британских кораблей, но и по отношению к весьма прогрессивным установкам, применявшимся в США. Котлы изготавливались теми же фирмами, что строили корпуса крейсеров. Каждый из 12 котлов имел паропроизводительность около 50 т/ч.