Китайские комиссары, по мнению И. Ф. Бабкова, пытались использовать допущенную неточность в переводе китайского текста русскими переводчиками, показавших направление пограничной черты от уже установленного на российско-китайской границе – поста Шабин-Дабага на запад, прямо к озеру Зайсан, хотя в той же статье договора на русском языке указано: что «граничная черта на западе, доселе неопределенная, должна проходить от Шабин-Дабага на юго-запад до озера Цсайсан»[492].
Цинские комиссары отстаивали свое толкование договора в расчете на включение в состав Китая значительных территорий в Казахстане и Западной Сибири. Китайская сторона также ссылалась на историю взаимоотношений Цинского Китая с казахами, киргизами и другими народами и старинные карты, где был показан китайский пограничный знак Лебуши на реке Лепса, а территория Семиречья обозначалась как владение Цинской империи.
А. В. Постников так комментирует доводы китайской стороны, которая, по его мнению, опиралась на работы иезуитов де Роша и де Эспинья 1756–1760 гг., и основанных на них картах второй половины XVIII – начала XIX в., которые не были точными и не могли свидетельствовать о наличии маньчжурской юрисдикции в Семиречье, включая Балхаш во второй половине XVIII в. Эта ситуация была временной, к середине XIX в. власть Китая уже не распространялась на западные линии постоянных китайских пикетов[493].
Летом 1863 г. продолжалось географическое исследование и картографирование на Тянь-Шане, южнее озера Иссык-Куль. На основании собранных данных была подготовлена карта «Рекогносцировка путей из Заилийского края в Кашгарию, снятая прикомандированным к корпусу топографов армейской пехоты прапорщиком Колмогоровым в 1863 г. и заключающая в себе полуинструментальной съемки – 17800 кв. верст, расспросной съемки – 200 кв. верст и дополненной съемкой 1862 г. – 1500 кв. верст. Река Улахол и Буамское ущелье сняты в 1862 г.[494].
Данные И. Ф. Бабкова легли также в основу 2-х карт: «Карты страны, лежащей между Заилийским краем и Кашгарией, 1863 г. (масштаб 20 верст в дюйме)»[495]. Здесь показаны земли к югу от Иссыг-Куля; и «Карты Кокандских владений, составленной по распоряжению корпуса топографов Штабс-капитаном Акшеевым в 1862 и 1863 гг. (масштаб 40 верст в дюйме)»[496].
Капитан Стрижевский в 1883 г. с помощью казахов провел съемку Барлыкских гор в приграничной полосе Семиреченской области. Два участка временно, на десять лет, были включены в состав России. Эти участки находились на бывшей границе Кокандского ханства с Кашгаром.
Эти спорные участки, в 1915 г. по протоколу, подписанному в городе Курэ (Северо-Западный Китай), а также спорные острова между рукавами р. Хоргос были разделены: Восточная половина отошла к Китаю, Западная – к России. На участке при слиянии двух речек Карасук граница была проложена по руслу р. Хоргоса до впадения его в р. Или.
Курэкский протокол стал завершающим документом о границе Российской империи и Китая[497].
Южная граница казахских жузов во второй половине XIX в. со Средней Азией, после ее завоевания Россией, не считалась государственной, а была внутриадминистративной. Об административно-территориальном делении Средней Азии и южного Казахстана можно говорить с 1868 г. Казахские земли вошли в Уральскую, Тургайскую области, Акмолинскую, Семипалатинскую, Семиреченскую, Сырдарьинскую области. В Семиреченскую область также вошли киргизские волости и уезды, а в Сырдарьинскую область вошли узбекские, каракалпакские, туркестанские, таджикские волости и уезды[498].
Продолжались работы по картографированию Кокандского ханства. Штабс-капитаном Акшеевым в 1863 г. была подготовлена «Карта Кокандских владений» (масштаб 40 верст в дюйме). И. Ф. Бабков нашел ошибки на карте. Озеро Кара-Куль было нанесено севернее Ташкента и форта Перовского, а река Амударья и горы Памир отсутствовали на карте.
Одновременно с проведением Чугучакских переговоров шло присоединение к России южных районов Киргизии. В 1862 г. приняли российское подданство киргизы в восточной части Чуйской долины. Одновременно киргизы и казахи подняли антикокандское восстание в Средней части Чуйской долины. Они обратились за помощью к начальнику Алатавского округа. 24 октября 1862 г. был вторично взят Пишпек, кокандцы были вынуждены уйти из Чуйской долины, а российские войска двинулись на Аулие-Ата. В 1863 г. были взяты кокандские крепости Джумгал и Куртка, 6000 семей киргизов Центрального Тянь-Шаня приняли подданство России. В 1863–1864 гг. российскими войсками заняты кокандские укрепления Сузак, Чулак-Курган, Аулие-Ата, Чимкент и Туркестан.
В результате военных действий были соединены Сибирская и Сырдарьинская линии военных укреплений, что защищало казахов Старшего жуза, киргизов Чуйской долины и Иссык-Кульской котловины.
В 1864 г. на берегу Иссык-Куля было построено Аксуйское укрепление, российское подданство приняли 10 тысяч семей киргизов долины Сусамыр и Кетмень-Тюбе[499].