Реализации Чугучакского протокола помешало дунгано-уйгурское восстание в Синьцзяне. Начавшись под лозунгом религиозной войны мусульман против «неверных» китайцев, борьба сразу приняла необычайно ожесточенный характер в Синьцзяне. Под влиянием мусульманских агитаторов в восстании приняли участие и многочисленные выходцы из Казахстана и Центральной Азии – казахи и киргизы, пришедшие из России. На протяжении 1864–1865 гг. борьба дунгано-уйгурских повстанцев привела к полной ликвидации китайского колониального господства в Центральной Азии. В Синьцзяне образовались три независимых феодально-теократических владения: Йеттишар (Семиградье) с центром в Кашгаре, Таранчинский султанат с центром в Кульдже и дунганский союз городов с центром в Урумчи[505]. Наиболее крупным и сильным владением являлось государство Йеттишар, во главе которого стоял выходец из Коканда Якуб-бек, объединивший под своей властью весь Восточный Туркестан. Дунгано-уйгурское восстание вынуждало русскую администрацию, опасавшуюся распространения движения на центрально-азиатские народы, активизировать свое продвижение на юг. В 1865–1866 гг. русские войска заняли Ташкент, Ходжент и Джизак[506]. Дунгано-уйгурское восстание в 1867 г. создало угрозу для позиций России в Центральной Азии и Казахстане и могло повлечь за собой потерю того влияния, которое она приобрела в Синьцзяне в результате заключения Кульджинского, Пекинского и Чугучакского договоров. Российское правительство провозгласило политику невмешательства в дела Цинской империи в Синьцзяне[507].
Китайские власти неоднократно обращались к пограничным властям России за помощью против дунгано-уйгурских повстанцев, но военный губернатор и командующий войсками Семипалатинской области Г. А. Колпаковский заявлял, что не имеет права переступать государственную границу[508] и вмешиваться во внутренние дела Китая.
На практике самовольные переходы населения как с русской, так и с китайской сторон, почти на всей русско-китайской пограничной полосе в Центральной Азии, создавали напряженное положение. Чтобы его устранить, нужна была демаркация государственной границы между Россией и Китаем[509].
В 1869–1870 гг. продолжались географо-картографические исследования российскими учеными и топографами.
П. П. Семенов-Тян-Шанский изучал орографию горных районов Тянь-Шаня.
В 1864–1868 гг. Н. А. Северцов совершил путешествие по югу Тянь-Шаня до озера Иссык-Куль[510]. А. В. Каульбарс, исследовавший в 1869 г. южный Тянь-Шань, провел глазомерную съемку в районе долин Нарыка и Таласа и вычислил превышения для 33 пунктов[511].
В 1867 г. при штабе Туркестанского военного округа был организован Военно-топографический отдел, где была составлена точная карта всей Средней Азии[512]. В 1867 г. экспедиции под руководством Тилло и в 1869 г. – К. В. Струве продолжили работы по составлению карты Центральной Азии. Для определения направления Зеравшана им были вычислены широты ряда пунктов (Джизак, Самарканд, Катта-Курган) и для всей территории Зеравшанского округа[513].
В 1869–1870 гг. российские уполномоченные во главе с И. Ф. Бабковым и представителями Китая провели демаркацию границы от перевала Шабин-Дабага до Тарбагатайского хребта. Были подготовлены следующие документы: 1) Протокол с описанием государственной границы от перевала Богосук до горы Ак-Тюбе, подписанный 1 августа 1869 г., 2) Протокол с описанием государственной границы от перевала Богосук до перевала Шабин-Дабага, подписанный 23 августа 1869 г., 3) Протокол с описанием государственной границы от горы Ак-Тюбе до прохода Хабар-Асу, подписанный 31 июля 1870 г. К каждому из протоколов были составлены карты соответствующего участка границы в масштабе 25 верст в дюйме[514]. В их основу были положены различные данные. В 1866 г. была составлена двухверстная карта «Съемка юго-восточной части Зайсанского края, снятая инструментально, под руководством помощника Начальника штаба Западно-Сибирского Военного округа генерального штаба полковника И. Ф. Бабкова, корпуса военных топографов капитаном Стрельниковым с топографами Матусовским и Барановым»[515], на которой показаны пограничные столбы Бай-мурчи (Бай-мурза), Керегентас и Чаган-обо. Эта карта, по мнению А. В. Постникова, является единственным достоверным источником для реконструкции местоположения указанных пограничных столбов на момент их установления на местности по договорной линии границы[516]. Во время работы демаркационной комиссии были составлены карты: «Топографическая съемка пограничного пространства, прилегающего к государственной границе между Россией и Западным Китаем от урочища Ак-Тюбе до верховьев реки Котан-Олун, 1869 г. (масштаб 2 версты в дюйме»)[517] и «Маршрут от китайского пикета Юстык до пограничного столба Щабин-Дабага, снятый глазомерно под руководством поручика Мирошниченко топографом Токарским, 1869 г. (масштаб 5 верст в дюйме)[518].