Официальная версия истории порохового заговора, которая была изложена в самых общих чертах выше, уже при своем появлении должна была противостоять возникшей одновременно с нею католической версии, которая была значительно более развитой и обоснованной, чем аналогичные версии других противоправительственных конспираций времен правления Елизаветы и Якова. Уже 25 ноября 1605 г. английский посол в Брюсселе при испанском вице-короле Томас Эдмондс доносил главному министру, что «ему стыдно сообщать графу Солсбери ежедневно изобретаемые здешним двором небылицы, дабы спасти католиков от злословия». А 5 декабря того же года в письме за границу другой современник прямо указывал на то, что Сесил «сумел сплести сеть, чтобы запутать тех бедных джентльменов». Слухи об этом получили столь большое распространение, что Сесил счел целесообразным даже написать памфлет, озаглавленный «Ответ на некоторые клеветнические писания, распространяемые за границей под предлогом предостережения католиков». Вместе с тем, в памфлете указывалось, что министр не выполнил бы своего долга «часового, защищающего жизнь короля и безопасность государства», если бы не противопоставлял «контрмины минам измены». Известно, что это министерское сочинение уже широко читали еще до февраля 1606 г. На процессе главы английских иезуитов Гарнета генеральный прокурор Кок говорил о том, что инкриминируемое обвиняемому одобрение убийств лживо изображают за границей «как вымысел и как политику нашего государства с целью вызвать презрение и навлечь немилость на папистскую религию». В Риме по указанию папы был позднее, в 1608 г., опубликован специальный меморандум, в котором отмечалось, что заговор был составлен группой мирян; что они не получали совета ни от одного католического священника; что заговор был спровоцирован властями, или они, по меньшей мере, способствовали его организации и позаботились, чтобы главные свидетели исчезли до того, как были выдвинуты обвинения против иезуитов.
Подозрения против Роберта Сесила упорно сохранялись на протяжении всего XVII века, когда они имели большое политическое значение. Так, епископ Годфри Гудмен, которому в момент раскрытия порохового заговора было около 20 лет, писал в своих «Мемуарах», что «великий государственный деятель вначале изобретал, а потом раскрывал измену, и чем более она была гнусной и ненавистной, тем более важными и более приемлемыми представлялись его услуги». Среди родных погибших заговорщиков существовало убеждение, что Кетсби, Фокс и их сообщники пали жертвами «государственной интриги». В 1615 г., через три года после смерти Сесила, был раскрыт изменнический умысел родственников участников порохового заговора, стремившихся отомстить за невинно, по их мнению, осужденных мучеников. В 1658 г. епископ Талбот писал, что Сесил «выдумал или, по крайней мере, раздувал пороховой заговор». Такие же обвинения раздавались нередко во время Реставрации Стюартов, особенно в связи с раскрытием так называемого «папистского заговора» в конце 70-х — начале 80-х годов XVII века. Подозрения о провоцировании Сесилем порохового заговора поддерживались не столько какими-то вновь открывшимися обстоятельствами, а тем, что они были в интересах католической партии. Позднее среди сторонников католической версии выделились историки, которые были склонны считать, что не Сесил спровоцировал заговор, а он являлся вымышленным от начала до конца.