6 декабря 1995 г. в интервью агентству "Интерфакс" Александр Лебедь заявил о своей "принципиальной готовности возглавить российскую армию", вместе с тем он уточнил, что "служить в российской армии, пока ею командует нынешний верховный главнокомандующий, президент Борис Ельцин, он не намерен". Свой переход из армии в политику Лебедь объяснил "невозможностью реформ вооруженных сил снизу и необходимостью коренных изменений в области военной политики России сверху".
В июне 1995 г. уволен в запас указом Ельцина.
17 декабря 1995 г. избран депутатом Госдумы от Тульского избирательного округа.
11 января 1996 г. съезд Конгресса русских общин выдвинул генерала своим кандидатом на пост президента РФ. Набрал 15 млн. голосов избирателей и, заняв третье место, выбыл из предвыборной борьбы.
27 мая 1996 г. в интервью радиостанции "Эхо Москвы" Александр Лебедь заявил:" "Для выхода из чеченского кризиса в первую очередь необходимо возбудить уголовное дело по причинам возникновения конфликта... разобраться в рамках уголовного дела, кто довел страну до такого состояния... В Чечне с начала конфликта погибло до 70 тысяч человек. Республике нанесен колоссальный материальный ущерб, посеяна рознь на десятки лет вперед. При этом кто-то сильно обогащается на этой войне через Грозненский нефтеперерабатывающий завод и через деньги, которые направляются на восстановление. Там всё воруют до последнего рубля" (с неизменным отвращением высказывался генерал в адрес московских покровителей чеченцев — например, Березовского, которого Лебедь называл «апофеозом мерзости» и обвинял в развязывании и финансировании войны).
18 июня 1996 г. указом президента РФ Бориса Ельцина Александр Лебедь назначен секретарем Совета безопасности и помощником президента РФ по национальной безопасности. В день назначения Лебедя был снят с должности министр обороны Грачев.
31 августа 1996 года Лебедь подписал с Масхадовым в селе Хасавюрт соглашение о прекращении военных действий на территории Чечни. Лебедь решил, что войска надо выводить срочно, пока не посыпался фронт. То есть, Хасавюрт был типичным «решением полевого хирурга» — пилить ногу, чтобы спасти жизнь. То, что он может ошибиться в диагнозе, генерал не допускал, как не вытребовал тысячу наших пленных из ям и рабских цепей. Осознавал он и то, что потерял симпатии той среды, из которой вышел — военных. 16 октября министр внутренних дел А.С. Куликов публично обвинил Лебедя в стремлении захватить власть вооруженным путем.
В октябре 1996 г. крымские газеты "Флаг Родины" и "Крымская правда" опубликовали открытое письмо Александра Лебедя "Севастополь - российский город".
17 октября 1996 г. освобожден от обязанностей секретаря Совета безопасности РФ и помощника президента по национальной безопасности.
27 декабря 1996 г. прошла учредительная конференция Народно-республиканской партии России (НРПР). Лидер - Александр Лебедь. Основная членская база партии - движение "Честь и Родина".
17 мая 1998 г. избран губернатором Красноярского края, получив во втором туре голосования около 60% голосов. Именно при нём был проведен первый в России эксперимент по набору администрации на конкурсной основе. В числе первых шагов А. Лебедя на посту губернатора Красноярского края было опубликование законопроекта "Об отзыве губернатора". "Я себе сжигаю мосты, - заявил Лебедь. - Если вдруг граждане увидят, что я пришел сюда готовиться к выборам, грабить регион, то вот вам механизм: зарвавшегося губернатора - отозвать". 14 августа 1998 г. А. Лебедь заявил об отказе получать свою губернаторскую зарплату до тех пор, пока не будут выплачены все долги бюджетникам и ситуация с зарплатой в крае не нормализуется. Ежегодные Парады Победы на 9 Мая в городе возродил именно Александр Иванович. Подарил Парижу несколько сот деревьев для восстановления городских парков, пострадавших от урагана в конце 1999 года...
С июня 1998 года является организатором и руководителем миротворческой миссии на Северном Кавказе . К началу 2001 года «Миссия Лебедя» освободила 168 российских военнослужащих.
Трагически погиб 28 апреля 2002 г., в 11-45, в катастрофе вертолета Ми-8 в районе озера Ойское Буйбинского перевала Красноярского края, куда он вместе с сотрудниками администрации летел на открытие новой горнолыжной трассы. Вертолет разбился в 50 км от поселка Арадан, столкнувшись с проводом ЛЭП. Правительственная комиссия возложила вину на лётчиков, оную не признавших. По независимому расследованию офицеров ГРУ, к лопасти несущего винта было прикреплено дистанционно управляемое взрывное устройство.
На следующий же день после смерти Лебедя выпустили Быкова, главу красноярской мафии, которого посадил губернатор.
8 февраля 2003 года решением депутатов Законодательного собрания Красноярского края одной из безымянных вершин хребта Ергаки Западных Саян было присвоено наименование «Вершина Александра Лебедя»