С февраля 1996 по июнь 2000 года Рафаил Махмудов работал в должности заместителя Генерального директора Научно-исследовательского Института Земледелия Министерства сельского хозяйства республики. В его обязанности входила курация 5 опытных станций, которые занимаются селекцией, семеноводством и агротехническими вопросами выращивания пшеницы, ячменя, кукурузы, бобовых и других культур. Он является соавтором более 10 сортов пшеницы, на 7 из них сортов (Шираслан 23, Баракатли 95, Алинджа 84, Гийматли 2/17, Азаматли 95, Гобустан 95,Самур) получены авторские права. До этого работал в должности младшего, а затем и старшего, главного научного сотрудника и заведующим лабораторией качества зерна. В институте возглавлял исследовательские программы, проведенные совместно с Международными Научными Центрами, – CIMMYT (Мексике), ICARDA (Сирия), FAO (Италия), CGIAR (Турция, Ташкент). Он активно принимал участие в семинаре Мирового Банка в Вашингтоне по финансированию сельскохозяйственных исследовательских работ в Центральной Азии и Кавказа в 1999 г, также в работе конференции Международного Селекционного Центра по кукурузе и пшенице (CIMMYT) в Мексике, 1999 г.
Он был участником V и VI конгресса пшеницы в Венгрии (2000 г.) и Турции (1996 г.), где выступил с докладом. Принимал участие в конференции Международной Продовольственной Организации (FAO) в Турции (1998 г.) и в Таллинне (1999).
В его обязанности входило выполнение различных научно-исследовательских работ, посвященных изучению физиологических и биохимических аспектов сортов пшеницы, агротехнических условий выращивания растений и качества урожая. Стажировался в Молдавской Академий Наук, Сельскохозяйственной Академии им. Тимирязева (ТСХА), во Всероссийском Институте Растениеводства. Выполнял диссертационные работы по теме «Характеристика белкового комплекса зерна пшеницы в связи с условиями выращивания» в Сельскохозяйственной Академии Тимирязева (ТСХА) и защитил по специальности «биохимия» в институте Биохимии Академии Наук Грузии и в 1986 году получил ученую степень кандидата биологических наук.
За годы активной научной деятельности написал и опубликовал более 100 научных трудов, из них три монография, 7 авторских свидетельств. Более 30 научных трудов напечатаны в престижных научных журналах и материалах Международных конференций. Для выполнения совместных научных программ и для участия в работе Международных конференций был в Венгрии (Институт Зерновых Культур, 1991 г.) Турецкой Республике (Стамбульский Университет, 1996), Швейцарии (Биохимический съезд, 1995 г.) и т. д.
Кроме того, Р. Махмудов прошел обучение на компьютерах проведение точное земледелие. Это управление продуктивностью посевов с учетом внутрипольной вариабельности среды обитания растений. Целью такого управления является получение максимальной прибыли при условии оптимизации сельскохозяйственного производства, экономии хозяйственных и природных ресурсов. При этом открываются реальные возможности производства качественной продукции и сохранения окружающей среды. Такой подход, как показывает международный опыт, обеспечивает гораздо больший экономический эффект и, самое главное, позволяет повысить воспроизводство почвенного плодородия и уровень экологической чистоты сельскохозяйственной продукции.
Вот краткие данные биографии ученого.
С Рафаилем я познакомился на международном семинаре по зерну, который прошел в Баку весной 1997 года. Я впервые приехал на опытное поле азербайджанских селекционеров расположенное в поселке Пиршаги рядом с институтом земледелия. Мое внимание привлек ученый, который чаще других оказывался рядом с академиком Джалалом Алиевым, выполнял все его поручения. Он выглядел моложе своих лет, был очень подвижный, и обладал хорошей памятью. Тогда ему еще не было 42 лет. Но я его запомнил, и всякий раз при встрече он старался оказать помощь в сборе материалов на темы сельского хозяйства. Так мы с ним встречались четыре года подряд. Должен признаться, международные семинары, проводимые по инициативе академика Джалала Алиева, оказали сильное влияние на формирование моих знаний о сельском хозяйстве. О чем бы я ни писал, я вспоминал мудрые слова этого великого ученого.
Р.Махмудовым разработаны новые подходы в селекции пшеницы на качество урожая. Он обладает опытом внедрения новых передовых технологий выращивания зерновых культур в различных зонах республики. Он внес большой вклад в создание системы семеноводства зерновых культур, управление и маркетинг. Имеет хороший опыт в проведении демонстрационных работ на местах, организации семинаров, конференций и других мероприятий, а также в подготовке брошюр, буклетов, информационных листов, рекламных работ, обладает компьютерными знаниями в составлении новейших программ, проведении видео и фотоработы. В совершенстве знает русский, турецкий, а также владеет английским.
С июня 2000 года и по настоящее время, работает в Государственном Агенстве по сельскохозяйственным.