Надежды Фукса стать британским гражданином рухнули в первый же день войны, который в одно мгновение превратил его из пользующегося сочувствием эмигранта и беженца из нацистской Германии во «враждебного иностранца». Его прошение о принятии в британское подданство было аннулировано, а сам он, как и 70 тысяч других беженцев из Германии и Австрии, предстал перед так называемой alien tribunal — комиссией по проверке лояльности лиц, относящихся к категории «враждебных иностранцев». В соответствии с распоряжением министра внутренней безопасности Джона Андерсона уже в сентябре 1939 года по всей Англии было учреждено более сотни таких комиссий. Все «враждебные» иностранцы были разбиты на три категории: А, В и С. Последняя категория означала, что возможность нанесения ущерба данным конкретным иностранцем интересам безопасности Великобритании является минимальной и что административные ограничения, накладываемые на него, также должны носить минимальный характер. 80 процентов всех немецких эмигрантов, в основном евреев, бежавших от нацистского ужаса, состояли именно в этой категории «враждебных» иностранцев.
Когда Фукс 2 ноября 1939 года впервые предстал перед комиссией по проверке лояльности «враждебных» иностранцев, произошло это не потому, что он был коммунистом, а потому, что он был немцем.
…За Клауса Фукса поручился его учитель Макс Борн. В своем письме в комиссию по проверке лояльности он подтвердил, что Фукс в период с 1930 по 1932 год был членом Социал-демократической партии Германии и убежденным противником нацизма. Не без усилий Макса Борна Фукс попал в льготную категорию «С» и вплоть до своего интернирования в мае 1940 года он должен был только периодически являться в местную полицию и сообщать о своих передвижениях и выездах в другие города страны…
В мае 1940 года, после того как Гитлер ошеломляющим ударом оккупировал Данию, Бельгию, Голландию, Люксембург и Францию и угроза высадки немецких войск в Англии стала страшной реальностью, все «враждебные иностранцы» категории «В» и частично категории «С» были переведены в категорию «повышенного риска» «A» и интернированы.
Из неопубликованного интервью Клауса Фукса: «…В первую волну интернированных немцев я не попал по двум причинам: во-первых, благодаря поддержке Макса Борна, во-вторых, еще и потому, что по сравнению с другими немецкими эмигрантами я был относительно «устроен»: у меня была твердая специальность и в перспективе благополучная академическая карьера. Но после того, как пала Франция и над Англией нависла реальная угроза вторжения, все без исключения немецкие эмигранты, жившие в районе английских портов, были немедленно интернированы. 12 мая 1940 года меня вызвали повторно в местную комиссию по проверке благонадежности иностранцев, а уже через несколько дней у дверей моего дома стоял полицейский, который без лишних церемоний приказал мне собрать самые необходимые вещи и явиться в полицейский участок. Через несколько часов я вместе с тысячами других немецких эмигрантов был доставлен на остров Мэн в лагерь для интернированных. Я даже не успел предупредить Макса Борна, что не смогу прийти на работу. В тот же день забрали моего друга Ганса Келлерманна…»
Клаусу Фуксу не помогло повторное вмешательство Макса Борна, который в письме на имя председателя «Общества по охране науки и знания» Эстер Симпсон охарактеризовал его как «одного из двух или трех наиболее одаренных физиков-теоретиков молодого поколения» и как ученого, способного внести значительный вклад в проведение научных исследований, имеющих «общенациональное значение». Несмотря на столь лестные характеристики, Фукс, равно как и тысячи других немецких эмигрантов, буквально за несколько часов был доставлен в спешно сооруженный лагерь для интернированных иностранцев на острове Мэн. В лагере Фукс, судя по всему, быстро завоевал авторитет среди заключенных и даже вошел в местное лагерное самоуправление, так как уже 13 июня Макс Борн писал ему из Эдинбурга: «…мы очень рады, что вам доверили ответственную должность старосты барака». Пытались помочь Фуксу и его бывшие коллеги из Бристольского университета, но безуспешно (Нэвилл Мотт направил письмо в министерство внутренней безопасности о том, что «глубоко сожалеет» по поводу интернирования талантливого немецкого ученого, но ответа не получил).
Лагерь для интернированных на острове Мэн просуществовал недолго. И хотя несколько тысяч интернированных безоружных людей на отдаленном острове в Ирландском море вряд ли представляли угрозу для безопасности Великобритании, страх перед «пятой колонной» оказался сильнее. Англичане решили перестраховаться и отправить всех «враждебных иностранцев» и военнопленных туда, где они уже наверняка не смогут причинить никакого вреда — в свои бывшие доминионы Австралию и Канаду.