Но чем ближе была предполагаемая дата запуска в космос “Восхода-3”, тем больше проблем стало появляться. Весной 1966 года, когда подготовка “Восхода–3” вступила уже в завершающую фазу, неожиданно начали всплывать новые технические проблемы и нерешенные вопросы, которые могли в перспективе серьезно осложнить всю космическую экспедицию.
Поэтому старт очередного советского космического корабля в 1966 году так и не состоялся. 10 мая 1966 года, за две недели до запланированного запуска, прошло заседание Военно-промышленной комиссии под председательством заместителя Председателя Совмина СССР Л.В.Смирнова. Председатель Государственной комиссии Г.А.Тюлин, главный конструктор ОКБ-1 В.П.Мишин, руководитель подготовки космонавтов генерал Н.П.Каманин доложили, что все готово к пуску 25-28 мая космического корабля “Восход-3”. Но, заслушав все доклады, Л.В.Смирнов неожиданно высказался за отмену космического полета, мотивировав свое предложение тем, что полет длительностью в 18-20 суток не даст ничего нового ни науке, ни обороне страны. Кроме того, осуществление полета “Восхода-3” якобы существенно задержит работу над перспективным космическим кораблем 7К-ОК “Союз” и в 1966 году не удастся запустить его на орбиту. Была и политическая причина: якобы полет без маневра на орбите и без стыковки покажет отставание СССР от США и будет воспринят мировой общественностью как доказательство превосходства американцев.
Время “Востоков” и “Восходов” уходило. На стапелях уже стояли космические корабли нового поколения – “Союзы”.
Под влиянием “высокого мнения” Л.В.Смирнова Государственная комиссия на заседании 12 мая решение о запуске “Восхода-3” так и не приняла. Сроки космического полета сместились на июль 1966 года. В последующие дни под давлением все того же Л.В.Смирнова большинство членов Госкомиссии изменили свое мнение, и уже мало кто поддерживал полет “Восхода-3”. Госкомиссия по вопросу о запуске “Восхода-3” больше не собиралась, новую дату запуска космического корабля так и не назначили.