При полете к Земле были проведены коррекции траектории, обеспечившие точное попадание корабля в коридор входа в атмосферу. Однако в ходе полета по трассе Луна-Земля произошла разгерметизация спускаемого аппарата, Давление в спускаемом аппарате (в нем, кстати, должны были находиться космонавты без скафандров при пилотируемом полете) упало вдвое. Причиной стала возникшая утечка, как предположили впоследствии, в резиновых уплотнениях входного люка.
Корабль, однако, успешно вошел в земную атмосферу и впервые в программе 7К-Л1 ("Зонд") совершил управляемый спуск с использованием аэродинамического качества спускаемого аппарата. Траектория спуска имела длину около 9 тысяч километров и состояла из участка первого погружения, на котором скорость снижалась до 7,6 километров в секунду, участка внеатмосферного полета по баллистической траектории и участка второго погружения, на котором произошло основное торможение аппарата до скорости около 0,2 километра в секунду. Управление движением "Зондом-6" на траектории спуска достигалось регулированием величины подъемной силы за счет поворота спускаемого аппарата по крену. Таким образом, был осуществлен первый управляемый спуск на Землю со второй космической скоростью после облета Луны.
Во время прохождения образовавшегося в земной атмосфере вокруг корабля облака плазмы произошла разгерметизация парашютного контейнера из-за прогара уплотнения на его люке. Считается, что при этом возник "коронный разряд", который пробил электрическую цепь гамма-высотомера. Система управления корабля расценила это как команду на отстрел парашюта. И парашют действительно отстрелился на высоте около 5,3 километра над поверхностью Земли. Напомним, что запасного парашюта на кораблях 7К-Л1 "Зонд" не предусматривалось.
Агентство ТАСС сообщило, что 17 ноября 1968 года спускаемый аппарат "Зонда-6" успешно приземлился в заданном районе Советского Союза. На самом деле спускаемый аппарат на высокой скорости врезался в земную поверхность, смявшись в "лепешку" высотой около метра и вырыв воронку глубиной едва ли не полметра. Взрыва и пожара не произошло лишь потому, что на борту спускаемого аппарата уже практически не было топлива, выработанного в ходе полета в атмосфере. Аппарат упал в 16 километрах от стартовой площадки ╧81 космодрома Байконур, с которой стартовал несколько дней назад. Из-под обломков "Зонда-6" были извлечены фотопленки с первыми цветными фотографиями Луны.
Испытатель космической техники Николай Зеленщиков позднее вспоминал: "После этого случая на всех "Союзах" была проведена доработка парашютной системы. Отстрел парашюта теперь проводился только после формирования команды "Земля".
Аналогичную доработку сделали и на спускаемых аппаратах космического корабля 7К-Л1 ("Зонд").
Генерал Николай Каманин сделал следующую запись в своем дневнике:
"26 ноября (1968 года - С.Ч.)
Почти два часа беседовал с Главкомом о наших планах на ближайшие 3-4 месяца. Надо признать, что над нами довлеет намерение США осуществить 21 декабря пуск "Аполлона-8" с тремя астронавтами на борту в облет Луны. Правда, на вопрос начальства: "Чем ответим американцам?" - мы стараемся не давать скоропалительных обещаний и защищаем ранее намеченные планы и сроки пусков. Американские, да и западноевропейские газеты, пытаясь напугать нас перспективой того, что мы не будем первыми на Луне, идут на откровенные провокации и много пишут в эти дни о "намерениях Советов послать людей в полет вокруг Луны раньше американцев", называя даже конкретные сроки такого полета - 8-12 декабря. Нет, мы не будем пытаться осуществить такой полет в декабре этого года, более того, мы не планируем выполнить его раньше февраля-марта 1969 года.
Мы значительно ближе, чем американцы, подошли к пилотируемому облету Луны: уже три наших технологических корабля вернулись на Землю со второй космической скоростью (два из них - после облета Луны). Мы многое знаем теперь о полете по трассе "Земля - Луна - Земля", но нам надо выполнить еще 1-2 технологических пуска, чтобы иметь ту степень уверенности, которая позволит нам сказать: "Да, мы готовы". Все мы великолепно понимаем, что даже после самой тщательной подготовки полета людей к Луне всегда останется значительная доля риска при его осуществлении, и мы ничего не будем делать из того, что может привести к дополнительному ее увеличению. Полет "Аполлона-8" связан со значительно большим риском, чем могли бы допустить мы. Но американцев можно понять - их корабли принципиально отличаются от наших: наши Л-1 уже летали в район Луны и возвращались на Землю без экипажей на борту, а американские "Аполлоны" не могут облететь Луну в беспилотном варианте. Для отработки своих кораблей американцы вынуждены рисковать потерей экипажа, мы же, имея корабли типа "Зонд-6", можем отрабатывать их без такого риска" [14.1].