Филон подверг переработке наивный монотеизм иудейской религии. Он окончательно оформил идею единого бога, придал ей философский характер, освободил ее от многих остатков политеизма. Согласно учению Филона, бог существует вне времени и пространства, не может никогда исчезнуть, не подвергается изменениям, лишен известных человеку атрибутов и качеств. Всякие изображения бога в облике человека, с руками и ногами, глазами и ушами, являются нелепыми и смешными. Что касается изображений бога в Библии, то их следует понимать в аллегорическом смысле. Бог не поддается определению и недоступен человеческому познанию. Являясь трансцендентным существом, бог не принимал участия в создании материального мира и непричастен к тому, что происходит в нем.
Представления Филона о боге не отличались последовательностью. Несмотря на свое утверждение, что бог не поддается определению, Филон нередко наделяет его такими качествами, как мудрость и всемогущество. Непоследовательность суждений Филона по вопросу о сущности бога проявилась и в другом отношении. Считая бога трансцендентным существом, стоящим вне мира и ничем не проявляющим себя в нем, Филон тем не менее; часто допускал, что бог является создателем и единственной причиной всего сущего, он всюду проникает и ничего не оставляет пустым.
Согласно учению Филона, материя есть какое-то бесформенное, хаотическое начало, она мертва, бездеятельна, инертна. Вместе с тем материя является злом, ей чужды всякие добрые свойства. Материя не была создана богом, он нашел ее в готовом виде. Бог не мог создать материю, так как по природе своей она не может находиться в соприкосновении с ним.
В представлении Филона влияние бога на мир осуществляется с помощью посредствующих существ, или божественных сил. По древней религиозной традиции Филон называет их ангелами. Они наполняют мир, действуют в нем, оживляют и оформляют мертвую и неупорядоченную материю.
Учение Филона о божественных силах не отличается определенностью и законченностью. В его изображении они носят двойственный характер. С одной стороны, божественные силы идентичны богу, являются его имманентными атрибутами. С другой стороны, они отличны от бога, выступают как что-то внешнее по отношению к нему, являются независимыми существами. Божественные силы Филона представляют собой механическое соединение «идей» Платона со «сперматическим логосом» стоиков. В одних случаях Филон вместе с Платоном считал божественные силы типичными «идеями», в других случаях он вместе со стоиками считал их «действующим началом», «разумными силами».
В философской концепции Филона первостепенное значение имеет учение о Логосе. Согласно этому учению, Логос исходит от бога, он есть одновременно и божественное слово, и божественный разум. Логос выступает как исполнитель божественной воли, как посредник между богом и миром. Вместе с тем Логос рассматривается Филоном как самостоятельное существо, как персонифицированная божественная сила. Иногда Филон говорит о нем, как о небесном человеке. По его словам, Логос — это «совершенный сын, первенец бога». В понимании Филона, Логос, с одной стороны, отличен и от бога, и от материального мира, а с другой стороны, он идентичен с каждым из них. Логос является одновременно атрибутом бога и действующей в мире силой.
В философском учении Филона Логос необходим так же, как и все божественные силы. Для александрийского ученого Логос является связующим звеном между богом и материальным миром, с которым бог сам не приходит в соприкосновение. Логос выступает в роли заступника людей перед богом. Всякую милость бог дарует по ходатайству Логоса.
Понятие «логос» Филон заимствовал из греческой философии, где оно впервые употреблено Гераклитом, а затем — стоиками. У Гераклита Филон взял понятие о логосе в смысле мировой закономерности, образующей единство в борьбе противоположностей. У стоиков Филон заимствовал понятие о логосе, как об активном, животворящем начале. Влияние Платона сказалось в том, что Филон обозначает логос как «идею идей», как «архитипическую идею».
Филон резко противопоставлял душу телу. Он утверждал, что тело является темницей души, источником всех зол, в нем содержится все худшее, что тянет человека к низменной материи, к совершению грехов. Душа, наоборот, является носительницей божественного начала в человеке, в ней находится все лучшее, что помогает людям возвыситься до познания бога. Учение Филона о теле как о темнице души и источнике всякого зла находилось в полном соответствии с философскими взглядами Платона и неопифагорейцев.
С такого рода представлениями о теле человека было связано утверждение Филона о прирожденной греховности людей. Человек нечист, если он прожил хотя бы один день. В понимании Филона высшей целью жизни является непосредственное созерцание человеком бога, подражание ему. Этого можно достигнуть путем отречения от мира, подавления страстей, отказа от земных благ, смирения и покаяния не путем жертвоприношений, а посредством принесения своего сердца богу.