В наведении порядка на вверенной ему территории Н.Н. Муравьев-Амурский видел и пытался достичь пресечения коррупции чиновничества, ослабления влияния местных "олигархов", защиты интересов казны и усиления роли государства. Сменил более половины неугодных и неспособных к службе лиц. Многие его ненавидели.
Все 14 лет Муравьев боролся с обкрадыванием государства. Забегая вперед, скажем: коррупцию и взяточничество ему искоренить не удалось, зато удалось заставить местную олигархическую верхушку вспомнить, что существуют и государственная власть, и законы, с которыми придется считаться.
Муравьев-Амурский каждому воздавал по заслугам.
Самым ожесточенным временем борьбы стали первые годы губернаторства Муравьева. По вверенному его заботам краю прокатилась целая череда судебных процессов, направленных на пресечение преступной финансовой деятельности местных золотопромышленников. Был поставлен заслон противозаконной переправке намытого золота в Китай. Муравьев вообще ратовал за создание единой государственной золотодобывающей компании (вот оно, проявление его социалистических наклонностей). Его усилия на этом поприще встретили ярое сопротивление не только местных, но и столичных чиновников, привыкших к «сибирской мзде».
Окунувшись в клоаку беззастенчивого воровства, не видел иного выхода из положения, как познакомить казнокрадов с политикой «крепкой руки». Предание военному суду, заключение в острог, запрещение вести торговлю, негласный полицейский надзор — подобные меры испытали на себе многие «короли» Восточной Сибири.
Граф сумел заручиться поддержкой императора, главы МВД, морского ведомства, поэтому, несмотря на противостояние министерства иностранных дел в лице Карла Нессельроде,
В начале 1850-х гг. резко увеличилось число ближайших подчиненных генерал-губернатора, их поручения обычно были связаны с подготовкой амурских сплавов. Муравьев-Амурский оказывал преимущественное покровительство, во-первых, людям, связанным с ним отношениями личной дружбы, родства или прежней совместной службы, во-вторых, молодым выпускникам привилегированных учебных заведений и офицерам гвардейских полков, в-третьих, выходцам из народных низов, выделявшимся способностями, опытом, приобретенными на практике знаниями. Он был необыкновенно настойчив в ходатайствах о наградах и чинах для своих подчиненных, видя в возможности получать награды "вне правил" компенсации за самоотверженный труд.
Его сиятельство имел огромные знания, трезвый ум и способность принимать единственно верное решение в трудную минуту.
При всей своей жесткости, властности, вспыльчивости и т.п., он характеризовался, как-то по-детски, доверчивостью к людям. Но горе было тому, кто ею пользовался в корыстных целях.
Муравьев-Амурский признавал необходимость освобождения крестьян с землей, отмены телесных наказаний, введения гласного судопроизводства с присяжными, свободы печати, протестовал против аристократических конституционных проектов и всесилия петербургской бюрократии. Он также осуждал телесные наказания.
В 1853 году генерал-губернатор для защиты границ Российской империи на востоке создал Забайкальское казачье войско, солдаты которого вместе с русскими моряками разгромили десант англичан и французов в Петропавловске-Камчатском в 1854 году и в бухте Де Кастри в 1855 году.
В 1862 году высшая сибирская администрация была гораздо более просвещенной и, в общем, гораздо лучше, чем администрация любой губернии в европейской России.
Генерал-губернатору Н.Н. Муравьеву-Амурскому удалось отделаться почти от всех старых чиновников, смотревших на Сибирь как на край, где можно грабить безнаказанно, и он окружил себя большею частью молодыми честными офицерами, из которых многие имели такие же благие намерения, как и сам он.