В 1943 г. в Ягодный из пос. Хатыннах перебазировали центральные ремонтные мастерские, где выпускали сложное оборудование для горных работ – механизированные промывочные установки и буровые станки, освоили ремонт экскаваторов, компрессоров и дугой горной техники. Здесь, в пос. Хатыннах, Богданов написал свою первую научную статью. Она была опубликована в журнале «Колыма» в 1940 г. и называлась «О рациональной тачке». Сейчас это может вызвать улыбку, но тогда выбор рациональной конструкции тачек (а их на приисках Дальстроя использовалось несколько десятков тысяч) оказал существенное влияние на производительность труда многочисленной армии рабочих.
В 1941 г. руководство Дальстроя поручило Е.И. Богданову обобщить все новинки и усовершенствования и возглавить составление первого в Дальстрое альбома топовых промывочных приборов, для чего Евгения Ивановича на полгода командировали в г. Магадан, где он руководил бригадой проектировщиков Дальстройпроекта. Альбом вышел большим тиражом и в течение ряда лет служил основным руководящим техническим документом при промывке золотоносных песков.
Вот основные вехи дальнейшей трудовой деятельности Е.И. Богданова.
В 1941–1946 гг. живёт и работает в пос. Ягодное Магаданской области, занимает должность старшего инженера производственно-технического отдела Северного горнопромышленного управления Дальстроя МВД СССР, а с мая 1946 г. по октябрь 1948 г. – должность руководителя обогатительной группы производственно-технического отдела Главного управления Дальстроя МВД СССР.
В 1948 г. после защиты и получения диплома о высшем образовании назначен на должность главного инженера прииска «Спокойный» Северного управления.
В 1952 г. становится главным инженером прииска «Верхний Ат-Урях», до 1953 г. наряду с прииском «Спокойный» входящего в состав Северного горнопромышленного управления.
В июле 1956 г. переведён на должность заместителя начальника технического управления Главного управления Дальстроя МЦМ СССР, вместе с семьёй переезжает в г. Магадан.
Итогом научной и изобретательской деятельности Е.И. Богданова, его усилий, внедрения разработанных и воплощённых в металл горных машин и оборудования стала защита в 1962 г. в Ленинградском институте диссертации «Исследование конвейерных ленточных отвалообразователей», ему была присуждена учёная степень кандидата технических наук.
В 1970 г. Е.И. Богданов успешно защищает диссертацию на соискание учёной степени доктора технических наук «Научные основы создания машин и оборудования для разработки россыпных месторождений Северо-Востока». В основу диссертации положены разработанные Е.И. Богдановым материалы по техническому перевооружению горной промышленности Северо-Востока России, послужившие также основанием для специального постановления Комитета по науке и технике относительно создания специализированных горных машин. Таким образом, рекомендации, содержащиеся в исследовании, были сразу же внедрены в производство. Диссертационная работа Е.И. Богданова – это обобщение многолетних исследований и взгляд в будущее. В ней научно обоснованы главные направления и на годы вперёд определены перспективы создания специально горной техники и технологий для разработки россыпных месторождений в суровых северных условиях.
Директор Северо-Восточного комплексного научно-исследовательского института академик Н.А. Шило в июне 1969 г. так писал в отзыве на докторскую диссертацию Е.И. Богданова: «Своей неутомимой изобретательской и конструкторской деятельностью он известен широкому кругу специалистов – геологов, горняков, обогатителей… Ряд изобретений Е.И. Богданова вошли в арсенал основных технических средств горных предприятий Северо-Востока. Экономическую эффективность и актуальность изобретений Е.И. Богданова трудно переоценить в развитии и техническом прогрессе горной промышленности Северо-Востока. Именно на период широкого промышленного внедрения этих изобретений приходится значительное повышение производительности труда на горных работах».
Из отзывов на докторскую диссертационную работу Е.И. Богданова: «Во всем, что сделано в области научно-технического прогресса на Крайнем Северо-Востоке, имеется его труд, вложена его кипучая энергия, его талант» (профессор, лауреат Государственной премии Б.Б. Евангулов); «Е.И. Богданов является одним из видных в Советском Союзе исследователей в области горного оборудования, пользуется большим и заслуженным авторитетом в среде научной и инженерной общественности» (профессор, лауреат Государственной премии И.А. Леоненко; доктор технических наук, профессор К.В. Соломин). В этих словах – концентрированный итог предельно напряжённой жизни, итог тридцати пяти лет, отданных Колыме и до самоотвержения подчинённых одной цели.
В мае 1969 г. Богданов перешёл на работу во Всесоюзный научно-исследовательский институт золота и редких металлов (ВНИИ-1), где возглавил лабораторию северных машин, а в январе 1970 г. его назначили заместителем директора института по научной работе.