К специализированным прокуратурам относятся природоохранные прокуратуры, призванные обеспечить надзор за единообразным исполнением законов, направленных на охрану окружающей среды. Цель прокурорского надзора за исполнением природоохранительного законодательства – выявление нарушений экологического законодательства, допускаемых как юридическими, так и физическими лицами; установление обстоятельств, способствующих этим нарушениям, и принятие мер к их устранению, принятие мер по привлечению к установленной законами ответственности лиц, допустивших нарушения природоохранительного законодательства; предупреждение нарушений природоохранительного законодательства.
Наиболее крупная Волжская межрегиональная природоохранительная прокуратура, полномочия которой соответствуют прокуратуре субъекта Российской Федерации, поскольку она является вышестоящей по отношению к межрайонным природоохранным прокуратурам целого ряда городов, расположенных в акватории и бассейне реки Волги (Астраханская, Волгоградская, Рязанская, Тверская, Ульяновская, Ярославская, Самарская и др.).
Природоохранные прокуратуры действуют во многих субъектах Российской Федерации как прокуратуры межрайонного уровня в целях усиления прокурорского надзора за исполнением законодательства об охране окружающей среды.
Природоохранные прокуратуры выполняют задачи по выявлению и ликвидации источников загрязнения окружающей среды, водных ресурсов, земель, пресечению фактов бесхозяйственного отношения к природным богатствам, браконьерства, по надзору за исполнением законов, направленных на защиту окружающей среды и экологических прав граждан, представительными (законодательными) и исполнительными органами власти субъектов РФ, органами местного самоуправления, органами контроля и их должностными лицами, органами управления и руководителями коммерческих и некоммерческих организаций, а также за соответствием законам издаваемых ими нормативных правовых актов.
Природоохранная деятельность органов прокуратуры предусматривает надзор за исполнением международных обязательств России по охране биоресурсов морей, мигрирующих видов животных, борьбы с трансграничным загрязнением атмосферного воздуха, а также по гармонизации юридико-технических мер по возмещению вреда, причиненного воздействием на природную среду
Природоохранные прокуратуры осуществляют уголовное преследование по делам об экологических преступлениях, браконьерстве, в том числе совершенных на предприятиях, в учреждениях, организациях и иных субъектах хозяйственной деятельности, находящихся в акваториях и бассейнах рек, озер, морском побережье.
В системе прокуратуры Российской Федерации предусмотрено наличие специализированных прокуратур по надзору за исполнением законов администрациями органов и учреждений, исполняющих наказание и назначаемых судом мер принудительного характера, администрациями мест содержания задержанных и заключенных под стражу. Они созданы в отдельных регионах в целях усиления влияния на состояние законности при исполнении уголовного наказания в виде лишения свободы и иных мер принудительного характера, назначаемых судом. Эти прокуратуры осуществляют свои полномочия на правах районных прокуратур с подчинением прокурорам соответствующих субъектов РФ.
В закрытых административно-территориальных образованиях, на особо режимных объектах и в специальных воинских формированиях надзор за исполнением законов осуществляют специализированные прокуратуры, которым присвоены номера войсковых частей (прокуратуры ЗАТО). Это обусловлено спецификой оборонного промышленного комплекса Российской Федерации, предприятия и объекты которого расположены на территории нескольких субъектов Российской Федерации либо вообще за пределами страны.
В настоящее время в статусе прокуратур субъектов Российской Федерации действуют специализированные прокуратуры закрытых административно-территориальных образований с непосредственным подчинением Генеральной прокуратуре РФ (г. Межгорье, комплекс «Байконур»). Другие прокуратуры, осуществляющие надзор за соблюдением и исполнением законов в закрытых административно-территориальных образованиях, на особо режимных объектах и в специальных воинских формированиях, обслуживающих их режим и непосредственное функционирование, подчиняются территориальным прокуратурам субъектов Российской Федерации. Например, прокуратура космодрома «Восточный» входит в систему Амурской областной прокуратуры.
Прокуроры ЗАТО «Межгорье» и комплекса «Байконур» (на правах прокуроров субъектов Российской Федерации) осуществляют: