Ориген придерживался теории эволюционного развития души. Касаясь эпизода о том, как Иоанн Креститель исполнился Духа Святого в утробе матери (7:4), он отмечает, что «некоторые могут подумать, будто Господь осеняет людей Своим Святым Духом и освящает их не по справедливости и заслугам их, а незаслуженно. Но ведь всем известны слова: Существует ли неправедность рядом с Богом? – Боже упаси, или Существует ли лицеприятие рядом с Богом? Ибо так защищают себя те, кто считает, что души рождаются на свет вместе с телами». Иоанн Креститель был осенен Святым Духом в утробе матери только потому, что своими прежними делами он заслужил такого благословения. Ориген добавляет, что Бог «все распределяет по заслугам и нравственному уровню каждого человека», и что необходимо «демонстрировать справедливость и праведность Бога, ведь, в полном соответствии со словами Апостола Павла, не бывает лицеприятия подле Него.
Далее Ориген заявляет, что Бог судит человека по делам его, иллюстрируя свое утверждение известим эпизодом о соперничестве Иакова и Исава (2, 9:7) за право первородства. Кальвинисты иногда используют этот эпизод для подтверждения своей идеи о том, будто человек изначально обречен Богом либо на вечное счастье, либо на вечное страдание. Однако согласно учению Оригена, судьба человека, рождающегося свободным, не может быть предопределена чужой волей иначе как по справедливости и по делам его. Любовь Господа к Иакову и ненависть к Исаву еще до их рождения кажется несправедливой, и единственным решением этой дилеммы является признание того, что Исав был наказан, а Иаков вознагражден за какие-то поступки из их прошлой жизни. Такой точки зрения придерживались Ориген и св. Иероним. Последний писал (Письмо к Авиту): «Обращаясь к случаю с Исавом, мы можем заключить, что он был осужден за свои грехи в прошлой, худшей жизни». Ориген же заявляет следующее: «То обстоятельство, что Иаков уже в утробе матери превзошел своего брата, не покажется нам несправедливым, если мы признаем, что он заслужил милость Бога своими делами в предыдущей жизни». Далее он пишет: «Это положение следует применять ко всем прочим тварям, ибо, как мы уже отмечали выше, праведность Творца должна проявляться во всем… Неравенство жизненных обстоятельств объясняется тем, что каждому справедливо воздается по заслугам его».
Необходимо также отметить великолепный комментарий Оригена к тому эпизоду, когда Бог ожесточает сердце фараона. Он указывает на то, что в этом мире скорейший способ избавления от болезни не всегда самый эффективный: «Иногда стремление как можно скорее излечиться от болезни не приводит к хорошему результату, особенно если болезнь, зажатая во внутренних областях организма, начинает бушевать с еще большей яростью» (3, 1:17). Ориген говорит о том, что Бог, как хороший лекарь человеческих душ, искореняющий саму основу болезни, ожесточил сердце фараона только для того, чтобы тот увидел последствия своих дурных поступков, и чтобы в будущих жизнях, осознав, что грешить против Бога опасно, он смог измениться в сторону праведности.
Приведенные выше цитаты не оставляют никаких сомнений в том, что Ориген исповедовал идею перевоплощения. Однако стоит, пожалуй, привести еще одну цитату, которая убедительнее всего доказывает, что Ориген имел в виду именно повторяющиеся рождения в этом мире, а не просто предыдущий опыт, полученный в других мирах. «Те, кто покидает сей мир, повинуясь смерти, которой не избежит никто из нас, получают по своим деяниям и заслугам, и одни отправляются в место, называемое адом, а другие в лоно Авраамово и в различные дворцы небесные». Таковы условия, в которые люди попадают в невидимых мирах после смерти. Точно также, после смерти в этих мирах, если можно так выразиться, они спускаются из «высших миров» в этот «ад». Ибо тот «ад», в который души мертвых отправляются из этого мира, можно, используя мою терминологию, скорее назвать «нижним адом». «Каждому из тех, кто спускается на землю, по заслугам или положению, которое он занимал в „нижнем аду“, предопределено родиться в этом мире в другой стране или среди другого народа, вести другой образ жизни иметь другие недостатки, иметь родителей религиозных или нерелигиозных, и может получиться так, что израильтянин рождается среди скифов, а бедный египтянин рождается в Иудее» (4, 1:23). Вряд ли существует более определенное утверждение о перерождении душ.