Что делать бедной женщине, если муж живёт в другом дворце? Блюсти благочестие и пестовать разум, что Маргарита и делала, войдя в тесный контакт с Игнатием Лойолой, а также заниматься шопингом и завести галерею – герцогиня стала собирать драгоценности и покровительствовать искусствам. Свой дворец она обустроила так, что загляденье, итальянским сенаторам, в нём сейчас заседающим, до сих пор нравится. Маргарита была первая дама в Риме, и в этом не может быть никакого сомнения. Она держала себя так, как будто ни в ком не нуждается, а напротив, все в ней нуждаются, но почётный титул Мадама, «моя дама», используемый при обращении к женщинам высокого происхождения, чаще всего – королевам, она заслужила не браками и не роскошным собранием драгоценностей. В 1559 году она была назначена своим единокровным братом Филиппом II, королём Испании, на должность правительницы Нидерландов. Дочь горничной стала не герцогиней даже, а, считай, королевой. Назначение мотивировалось тем, что Маргарита родилась во Фландрии, знала фламандский и фламандские обычаи. Она уехала из Италии, Оттавио остался один, сначала отрываясь в Риме, а потом догуливая свою жизнь в Парме. У него было множество внебрачных детей, но все – дочери. Сына Алессандро он видел последний раз, когда тому было одиннадцать, – сын всю жизнь провёл в Испании и Нидерландах. После обучения в Мадриде Алессандро стал военачальником во Фландрии и в Италию больше не возвращался, хотя после смерти Оттавио в 1586 году он получил титул герцога Пармского. В Брюсселе Маргарита, по сути разошедшаяся с мужем к обоюдному супругов удовольствию, воссоединилась с сыном. Испанский двор недооценил значение фламандского происхождения Маргариты. Терпимость её управления вызвала в Мадриде недовольство – она даже имела смелость и наглость обратиться к брату Филиппу с прошением о снисхождении к еретикам. Филипп II тут же заподозрил её в заговоре и в помощники – а на самом деле в контролёры – прислал железного герцога Альба, с которым Маргарита плохо сработалась, из-за чего в 1568 году вовсе была уволена с должности. Она, оставив сына, вернулась в Италию, но в Парму – ни ногой, живя то в Риме, то в своих многочисленных поместьях в Лацио и Абруццо. Умерла она в один год с мужем, которого ни разу не видела со времени отъезда в Нидерланды.
Маргарита Фарнезе унаследовала Палаццо Мадама от первого супруга, герцога Алессандро Медичи, но, выйдя замуж, утратила право владения на дворец, считающийся коронным владением правящего флорентийского дома. Пока Маргарита была в Риме, никто пикнуть не смел, но когда она уехала, то пикнула Екатерина Медичи, королева Франции, пожелавшая вернуть фамильную собственность. В 1560 году началась пря между Мадамами, закончившаяся тем, что герцогине Пармской было позволено пользоваться дворцом вплоть до смерти. После смерти Маргариты и её мужа, случившейся в 1586 году, наследник Фарнезе, сын Алессандро, не собираясь возвращаться в Италию, отказался от прав на Палаццо Мадама. Медичи вновь обрели хорошую жилплощадь в центре Рима. Во дворце поселился Фердинандо Медичи, второй сын Козимо I, первым ставшим величать себя не просто герцогом Медичи, а Великим герцогом Тосканским. Поэтому и дети его были великие герцогинята. Старший из великих герцогинят, Франческо I, вогерцеговился после смерти отца, а Фердинандо стал кардиналом, так что жилплощадь в Риме досталась ему. Он пожил в Палаццо Мадама недолго, так как его брат в 1587 году неожиданно умер, и Фердинандо оказался последним в роду – то же случилось и с Карло Борромео. В отличие от Борромео Фердинандо Медичи от представившейся возможности продолжить род не отказался, снял кардинальскую мантию и женился на Кристине Лотарингской, дочери герцога Карла III, чей предполагаемый портрет нарисовал Белланж в своём «Оплакивании». Кристина родила ему девять детей. Уехав из Рима, Фердинандо Медичи оставил дворец своему другу и сподвижнику кардиналу Франческо Мария Борбоне дель Монте Санта Мария (его полное имя), венецианцу по месту рождения, но тосканцу по крови.