Простое начало. Как четыре закона физики формируют живой мир

Кинетин передвигается со средней скоростью около 2 микрометров в секунду, а значит, может пересечь эукариотическую клетку за несколько секунд. Диффундирующим молекулам для этого потребовались бы минуты. Но даже здесь клетка эксплуатирует случайность: моторному белку не нужно доставлять груз до самого пункта назначения, а достаточно лишь переместить его поближе, чтобы на последнем отрезке пути дело завершило броуновское движение. (Например, достигнув ядра после выхода из начальной точки на другом конце крупной клетки, фактор транскрипции может уже путем диффузии быстро добраться до своей ДНК-мишени, расположенной не дальше микрометра.) Польза молекул вроде кинетина очевидна, но она имеет свою цену: клетка вынуждена расходовать энергию на работу моторных белков, в то время как броуновское движение Вселенная предоставляет бесплатно.

Несмотря на активные исследования, никто пока не обнаружил подобные кинетину моторные белки в прокариотических клетках (бактериях и археях). С точки зрения биофизики это закономерно: не то чтобы бактерии не смогли развить их в ходе эволюции – они просто не испытывают в них необходимости. В малых масштабах броуновское движение происходит быстро, в крупных – медленно. Поскольку бактерии в большинстве своем малы, они могут спокойно положиться на случайность в удовлетворении своих внутренних транспортных потребностей.

Зачем бактерии плавают?

Транспортировка вне бактерий и перемещение их самих тоже не обходятся без случайности. Большинство бактерий подвижны и могут, например, плавать в жидкости. Так, у E. coli есть несколько нитевидных жгутиков, при вращении которых в одну сторону организм движется вперед, а в другую – кувыркается[34]. Эти микробы постоянно пребывают в движении, и под микроскопом видно, как они снуют из стороны в сторону в чашке с водой.

Можно подумать, что бактерии плавают ради поглощения пищевых частиц, подобно миниатюрным усатым китам, собирающим криль на своем пути, но физика это опровергает. E. coli плавает со скоростью около 10 микрометров в секунду, а значит, если бы в микрометре от нее (то есть на расстоянии, сравнимом с длиной ее тела) находилась пища, бактерии понадобилось бы около десятой доли секунды, чтобы к ней подплыть. Их пища – это сахара и другие молекулы размером менее одной тысячной микрометра, такие маленькие, что за миллисекунду могут преодолеть расстояние в целый микрометр. Будь вы бактерией, пища достигала бы вас путем диффузии гораздо быстрее, чем вы до нее доплывали бы! Как отметил физик Эдвард Пёрселл, «вы можете носиться как угорелый, но тот парень, что спокойно сидит в ожидании диффузии», получит не меньше.

Зачем же тогда им плавать? Бактерии вроде E. coli измеряют концентрацию питательных веществ в окружающей среде по изменению загруженности клеточных рецепторов их молекулами и перемещаются в направлении повышения концентрации. И снова процитирую Пёрселла: «(Бактерия) может находить места, где пища лучше или где ее больше. То есть она движется не как пасущаяся на лугу корова, а стремится туда, где луга зеленее». Благодаря многолетним исследованиям мы теперь можем в подробностях описать, как E. coli оценивает обстановку и принимает решения: как обнаружение питательных веществ поэтапно воздействует на белки, контролирующие жгутики, чтобы те позволяли клетке дольше плыть прямо по градиенту концентрации питательных веществ и чаще крутиться при движении в менее удачном направлении. Механизмы такого же типа работают у очень разных бактерий, включая тех, что привыкли прокладывать себе путь в организмы животных⁶. Похожие системы характерны и для многих эукариотических клеток – например, иммуноцитов, мигрирующих к ранам.

Итак, мы познакомились со многими компонентами клеток и физическими закономерностями, управляющими их сборкой, динамикой и принятием решений. Клетки, конечно, восхитительны – это живые, растущие, размножающиеся сущности, которых только в каждом из нас триллионы. Но клетки поражают нас еще сильнее, когда работают вместе. Во второй части этой книги мы расширим поле зрения до клеточных объединений, включая эмбрионы, органы, бактериальные сообщества и целые организмы всех форм и размеров, – и снова увидим в работе общие биофизические принципы, потому что взаимодействующие клетки тоже осуществляют самосборку, принимают решения с помощью регуляторных схем, имеют дело со случайностью и увеличивают свои размеры масштабированием.

Часть II. Жизнь во всей полноте

Глава 7. Сборка эмбрионов

Мы познакомились с главными строительными элементами жизни и тремя общими принципами, лежащими в основе их взаимодействий: концепцией самосборки, предсказуемой случайностью микроскопического движения и построением регуляторных схем. Затронули мы и четвертый принцип, масштабирование, находящий отражение в зависимости броуновского движения от размера частиц и в продолжительности диффузии на большие расстояния. В следующих главах мы рассмотрим масштабирование подробнее.