Доктрина протестантизма сумела, защищая догмат о спасении верой, поставить спасение христианина в зависимость не только от веры, но и от собственной церкви. Выбор типа церковной организации и форм культа зависел от обстоятельств, в которых руководством служило Писание. Католический культ в целом был отвергнут как «человеческая традиция», которая не отвечает велениям Бога и не обусловлена Писанием. Культовая практика протестантских церквей провозглашалась верной божественному Слову. Следуя ему, Лютер считал допустимым все, чего Библия прямо не запретила, а Цвингли отменял в католическом богослужении обычаи, не имевшие прямого подтверждения в Библии.
На формирование протестантского вероучения сильное влияние оказали заимствования из ранних отцов церкви. Религиозный подвиг Киприана, пророчества Лактанция, полемизм Оригена, ораторский талант Иоанна Златоуста реформаторы ставили в пример своим последователям. Великий ум Аврелия Августина подсказал многое Лютеру и Кальвину в разработке концепции христианства, понимании стратегии и тактики борьбы с инакомыслием. Не обращая внимания на то, что католицизм включает сочинения отцов церкви в Священное Предание, реформаторы заявили свои права на их наследие. Все остальное в Священном Предании — папские буллы, каноны церковного права, декреты соборов католической церкви и т. д. — было объявлено «человеческой традицией». В протестантской пропаганде в эпоху Реформации папские буллы и каноны изображались как дьявольские атрибуты потерявшей стыд «Вавилонской блудницы» в Риме. Католическое Священное Предание изобличалось как порождение прошлого, сквозь тьму которого к христианам возвращается свет Евангелия. «От тьмы к свету!» — звал девиз евангельских христиан, которых реформаторы освобождали от веками копившихся в Предании заблуждений человеческого разума. Указывая на несостоятельность официального собрания церковных документов и монополии клира в деле толкования Божественного Слова, протестантское вероучение требовало от христианина следовать только Священному Писанию.
Интерес к Библии у простых верующих был обусловлен общими закономерностями ренессансной культуры, благодаря которой ее текст распространялся независимо от отношения к этому церковных иерархов. Тридентский собор провозгласил латинскую Вульгату единственным подлинным вместилищем божественного Слова, но и ее пришлось редактировать. Не все католики были против перевода на национальные языки, и не все протестанты были довольны качеством множества сделанных переводов. Переводя Библию на родной для каждого христианина язык и заботясь о том, чтобы она имелась в каждом доме, протестантские церкви позаботились и о том, чтобы Библию не читали как «мирское» произведение.
Наибольшую трудность для восприятия библейских текстов как источника вероучения представляет согласование содержания Ветхого и Нового Заветов. Различие между нормами поведения ветхозаветных патриархов и пророков и евангельскими заповедями питало распространенное убеждение, что законы Моисея отменил Христос. У Лютера были существенные сомнения по поводу возможности канонического использования (т. е. для обоснования вероучения) очень значительных книг Ветхого Завета. В Новом Завете он отрицал подлинность двух апостольских посланий — Иакова и Иуды, сомневался в достоверности Второго послания Петра. Лютеровская критика Библии и его переводческая изобретательность, когда он усиливал в священном тексте акценты в пользу протестантской доктрины, давала поводы для упреков в том, что он будто бы манипулирует богодухновенным текстом.
В отличие от Лютера Кальвин считал весь комплекс библейских книг, который утвердился для западного христианства в IV в. в составе церковного канона, исходящим от Бога. Равенство религиозного авторитет Ветхого Завета с Новым ему помог обосновать Аврелий Августин своей версией о согласии пророков и евангелистов. В «Наставлении» подробно излагаются отличительные особенности двух частей Писания, утверждается их единство и неделимость в качестве источника Божественного Слова. Библейские противоречия, которые здравому смыслу кажутся явными, реформатор разрешил своей концепцией о стадиях дарования Божественного откровения.