Развитие событий Реформации требовало ревизии догматики. В соответствии с заключенным в ходе войн с императором перемирием (1548) саксонским протестантам были предписаны литургия и организация, приближающиеся к католическим на том основании, что церковные обряды и структуры относятся к «нейтральным вещам» (лат. adiaphora, греч. йбшрора). Эту позицию редакторов перемирия, в числе которых был и Агрикола, подразумевавшую, что религию можно разделить на ценностные уровни, поддержали Филипп Меланхтон и его ученики. От имени «подлинных лютеран» (gnesiolutheranes) с критикой «филиппистов» выступил Матиас Флациус
(1520–1575). Он считал, что в период преследований со стороны врагов Евангелия не следует им уступать даже в тех вещах, которые в Писании не являются ни обязательными, ни запретными, т. е. сами по себе нейтральны. Он провозгласил: «Nihil est adiaphoron in casu confessionis et scandali» («Не бывает нейтральных вещей, когда речь идет о конфессии и соблазне»), и спор профессоров виттенбергского университета привел к формированию в Саксонии двух школ — филиппистской с центром в Виттенберге и гнесиолютеранской с центром в университете Иены.Следующим источником разногласий в теологии лютеран было выступление в печати пастора и профессора Андреа Осиандера
(1498–1552) в Кенигсберге с трудом «De Justificatione» против положения Лютера о спасении верой. Он не признавал, что источником оправдания являются события Страстей, происходившие пятнадцать веков назад, и полагал, что главное — мистическое перемещение Христа в сердце человека благодаря вере. Оправдание он рассматривал как наделение человека праведностью и святостью в действительности, что не соответствовало догмату Лютера о греховности человека. Иде и Осиандера опирались на отвергнутые большинством реформаторов представления о возможности внесения в душу человека свойств извне; их энергично критиковали как филипписты во главе с Меланхтоном, так и гнесиолютеране. Высказанное Меланхтоном положение о том, что перемещение Христа в душу верующего является следствием, а не источником оправдания, дало импульс обновлению теологических споров, которые разрешились впоследствии в пользу партии филиппистов.Ученик Меланхтона Георг Майор
(1502–1574), профессор Виттенбергского университета, поднял проблему добрых дел, которые, по его мнению, необходимы для спасения, хотя люди могут быть оправданы и без них. Восстанавливая в протестантской теологии понятие заслуг, характерное для католической доктрины, он, вопреки Лютеру, полагал оправдание зависимым от последующего обретения верующим святости. Защищая наследие Лютера, его верные сподвижники Николас фон Амсдорф (1498–1565) и Флациус обвинили Майора в ереси папизма, допускавшего свободу воли, и пелагианства, т. е. возможности преодолеть грех. В полемике они стали утверждать, что добрые дела не только не заботят Бога, но и вредны для спасения.Затем в лютеранстве вновь была поднята проблема синергизма — сотрудничества человека и Бога в деле спасения, которую в свое время решительно осудил Лютер. Источник спора крылся, как и в предыдущих дискуссиях, во взглядах Меланхтона. В переработанных «Loci communes» он определил свободу воли как «способность человека к усвоению благодати», поскольку Бог, по его мнению, не действует без учета склонности человека. Эта восходящая к Эразму позиция вдохновила Иоганна Пфеффингера,
профессора Лейпцигского университета, в работе «О свободе воли» сделать вывод, что «в нас существует нечто, побуждающее одних согласиться на спасение, а других — не согласиться». Ему возразили Амсдорф и Флациус; последний открыто критиковал Меланхтона в диспуте с филиппистом Викторином Стригелием. Он утверждал, что обращение верующего не предполагает пассивности, как у камня, но учитывает строптивость грешника. Благодать нисходит на тварного человека, который к ней не стремится, но противится. Более того, Флациус утверждал, что после грехопадения Адама первородный грех перемещается из акциденции человека в его субстанцию, чего в учении Лютера не было.