Внутренние разногласия в лютеранстве привели к тому, что гнесиолютеране отказывали филиппистам в праве считаться приверженцами «Аугсбургского вероисповедания», и это весьма насторожило протестантских князей, заинтересованных в церковном единстве. Под их давлением было составлено «Франкфуртское отступление», где, в память о Меланхтоне, стороны договорились считать три христианских Символа веры, а также «Аугсбургское вероисповедание» и «Апологию» подлинно доктринальными документами. Однако вскоре гнесиолютеране выработали «Веймарское опровержение», а филипписты — «Корпус христианской доктрины» с собственными дополнениями к принятому договору. Дело примирения, которое опять не состоялось, продвинулось, когда герцог Вюртембергский, обеспокоенный распространением в своих владениях кальвинизма, поручил профессору Якобу Андреэ
(1528–1590), канцлеру Тюбингенского университета, согласовать позиции гнесиолютеран и филиппистов. Он создал «Христианские проповеди» (1573), суммировавшие расхождения сторон. Это произведение получило признание в Саксонии не только благодаря литературным достоинствам. К тому времени филипписты, разделявшие трактовку евхаристии Кальвином, были обвинены в тайном кальвинизме и утратили авторитет во владениях саксонских курфюрстов, а из герцогской части Саксонии изгнали гнесиолютеран, т. е. состав приверженцев лютеранства стал более однородным. После длительных консультаций со многими коллегами текст Якоба Андреэ обсуждался на двух теологических конференциях и был использован для составления «Формулы согласия» (1577). Автор распределил в 12 статей положения, которые в течение 40 лет вызывали теологические столкновения (первородный грех, свобода воли, оправдание верой, добрые дела, евхаристия, нейтральные вещи, отношения Закона и Евангелия и др.). В каждой статье излагалась суть разногласий, фиксировалось «чистое и соответствующее Божьему Слову учение», затем отбрасывалось как «заблуждение» то, что противоречило ему. В 1580 г. в качестве канона лютеранства была утверждена «Книга согласия», сформированная из трех христианских символов веры, «Аугсбургского вероисповедания» и его «Апологии», Шмалькальденских артикулов, трактата Меланхтона «О власти и примате папы», Большого и Малого катехизисов Лютера и «Формулы согласия».«Формулу согласия», которую подписали более восьми тысяч теологов, приняли в 51 княжествах и 38 городах, т. е. в большей части евангелических немецких территорий. Сплотив лютеран, она углубила расхождения с цвинглианцами и кальвинистами, поскольку осудила их совместные положения о таинствах, выраженные в «Цюрихском соглашении» (1549). Расхождения между конфессиями, возникшими в период Реформации, упрочились, и это сказалось на усилении влияния кальвинизма в немецких землях — Вюртемберге и Бранденбурге. Цюрихский пастор Рудольф Хоспиниан
в книге «Concordia discors» (1607) обратил внимание на негативные последствия «Формулы согласия» с точки зрения тех, кто продолжал надеяться на объединение реформированных церквей. Лютеранская ортодоксия, которая направляла церковное строительство, вплоть до Тридцатилетней войны (1620–1648) в большей степени отличалась антикальвинистской направленностью, чем антиримской.На основе «Формулы согласия» происходило доктринальное развитие лютеранства за пределами тех вопросов, которые отныне считались окончательно решенными. Утвердился интерес к исследованию боговдохновенности Писания (которое рассматривалось как неприкосновенный текст, вплоть до знаков древнееврейской орфографии в Ветхом Завете), а также к догматам о двух природах Христа, вездесущности тела Христова, вопросам о соотношении видимой и невидимой церкви, различии фундаментальных и нефундаментальных артикулов веры. Используя категории Аристотеля, лютеранская ортодоксия показала себя в этих исследованиях не менее педантичной, чем схоластика.
Образцом воинствующего поборника партии лютеранской ортодоксии в Германии XVII в. был неутомимый полемист Авраам Калов
(1612–1686). Он был деканом факультета теологии в Виттенбергском университете, примасом городской церкви и генеральным суперинтендантом в Саксонии. Задавшись целью отстоять церковь от любых «ересей», он полемизировал с кальвинистами, католиками, «синкретистами» (утверждавшими, что между лютеранами и реформатскими течениями нет конфликтов), с мистиком Якобом Бёме, правоведом Гуго Гроцием и другими защитниками веротерпимости. В числе теологов, выработавших догматическую формулу о «вездесущности» Христа, Калов способствовал ожесточению евхаристических разногласий между протестантами, настаивал на преимуществах лютеранской трактовки Библии. Калов основал также одну из влиятельных пасторских семейных династий, которые боролись за конфессиональную сплоченность лютеран.