С самого начала последователи Смита верили, что они создают новую церковь, какой бы скромной ни была ее численность. Что касается светского правительства, «Декларация» утверждала, что оно не имеет права выбирать и предписывать какую-либо из форм христианской религии в качестве обязательной.
Обоснования для своих взглядов Джон Смит черпал из учения Якоба Арминия, которое в реформатской ортодоксии официально отвергли и осудили на синоде в Дордрехте. Джон Смит верил, что к погибели Бог не предопределил ни одного человека, поскольку благодаря искупительной жертве Христа спасение носит всеобщий характер. Его последователей — общих (генеральных) баптистов в Англии было немного, и существенного влияния за пределами страны они не имели.
Другое направление в баптизме возникло также на почве расколов среди конгрегационалистов. Благодаря деятельности Генри Джекоба
и Джона Спилберга в расположенном близ Лондона Сосворке объединилась группа частных (партикулярных) баптистов. Они верили, что не все, а только часть людей спасены искупительной жертвой Христа, т. е. шли вслед за реформатской ортодоксией. В 1644 г. они приняли «Исповедание веры», в котором погружение в воду означает апостольскую преемственность баптизма. Крещение здесь определено как данный Богом в Новом Завете обряд погружения или окунания тела в воду, имеющий глубокое символическое значение. Согласно вероучению, магистрату предоставлено право наказывать грешников и поощрять добродетельных.Репрессии в Англии против баптистов ужесточил Уильям Лод, при котором молитвенные дома баптистов были закрыты и многие верующие отправлены в тюрьмы. Как и прочим нонконформистам, эмиграция в Новый Свет дала баптистам шанс на выживание. Образцом мужества являлась для верующих жизнь англиканского священника Хансерда Ноллиса,
который стал проповедником баптизма и за свои проповеди неоднократно оказывался за решеткой, пережив последнее тюремное заключение в 84 года. Социальный состав в общинах не был однородным, и наряду с мелким людом встречались очень богатые, например Уильям Киффен — состоявший в королевском окружении купец, который основал свою общину и проповедовал, причем купеческого духа в его проповедях было не меньше, чем благочестия.Когда в период Долгого парламента репрессии ослабели, число баптистов заметно увеличилось, многие из них служили в отрядах Кромвеля и достигли высоких воинских званий. В сложных обстоятельствах реставрации монархии численность баптистов росла. Они продолжали проповедь религиозной свободы и церковного самоуправления, привлекали людей демократических убеждений. Их поддерживал знаменитый религиозный писатель Джон Бенъян
(1628–1688), который, хотя и называл себя просто христианином, не проходил обряда повторного крещения и не крестил своих детей. Его «Путь паломника» и другие сочинения были солидарны с духом баптизма и вошли в сокровищницу баптистской литературы.В отличие от квакеров, баптисты соблюдали гражданские законы, у короля не было особых поводов подвергать сомнению их лояльность по отношению к короне. Это помогло им противостоять репрессиям. Акт о веротерпимости 1689 г. снял с них ограничения в правах, как и с прочих нонконформистов, кроме католиков и иудаистов. В связи с этим наряду с организацией общих баптистов возникла Генеральная ассамблея частных баптистов, которая объединила 107 церквей, но объявила, что это собрание не претендует на верховенство и руководство местными церквями. Самостоятельную позицию заняла лондонская ассоциация церквей во главе с Джоном Джиллом
(1697–1771). В его книге «Тело божественное» утверждалось, что христиане не должны заботиться о призыве всех людей к Спасителю. Ведь Бог уже одарил благодатью избранных, и греховно было бы стремиться к пересмотру принятого свыше решения. Отсюда вытекало неодобрительное отношение к централизации церквей и миссионерской деятельности.В отличие от Джона Джилла, теолог Эндрю Фуллер
(1754–1815) поддержал установку на всеобщий характер искупительной жертвы Христа, и отсюда вытекала необходимость миссионерской деятельности. Он выдвинул проект евангелизации всех народов, которые были подданными Британской империи, обосновав его в книге «Исследование обязанностей христиан употреблять средства для обращения язычников». Вместе со своим помощником лингвистом Уильямом Кэрри, работавшим в Индии, он в 1792 г. основал Английское баптистское миссионерское общество. Необходимость активного миссионерства со временем признали и частные баптисты, и два баптистских направления объединили свои усилия. С 1891 г. баптистские проповедники за пределами Англии работали в составе одного миссионерского объединения, и их примеру последовали остальные протестантские церкви, в том числе и англиканская.