Выступления против православия в России были таким же постоянным явлением духовной жизни народа, как на Западе выступления против католицизма. Сначала языческое население противилось крещению, затем, начиная с XIV в., православным иерархам регулярно приходилось расследовать учения еретиков, а в XVII в., вслед за расколом, связанным с реформами патриарха Никона, появляются в российских землях «секты». Не жалея энергии, православные писатели обличали сектантов, выясняя происхождение странных для привычного церковного обихода обрядов и верований, чем-то связанных воедино, подобно ветвям и листьям в кроне древа российского раскола и сектантства. Сектанты считали себя «духовными христианами». Христововеры (хлысты) верили, что Христос был простым человеком и Бог может одновременно воплотиться во многих людях. Они изнуряли себя плясками-радениями, сопровождаемыми «говорениями» (глоссолалией), подвергали себя оскоплению. Полностью порывали с официальной церковью духоборы, учившие: «Не надобно ходити к церквам молитися… Церковь не в бревнах, а в ребрах». Они считали неправедными всех правителей, строили в предгорьях Кавказа особое государство «Духоборию», отказывались служить в армии, и в 1830 г. были причислены к «особо вредным сектам».
Прорицатели-молокане, ожидая в 1836 г. конца мира и возмездия грешникам, переселялись на юг, ближе к Арарату, где им было уготовано тысячелетнее царство спасенных.
Русские молоканки Закавказья. Рисунок неизвестного художника XIX — начала XX в.
В южных и юго-западных регионах, в Херсонской, Таврической, Бессарабской, Киевской и Екатеринославской губерниях, куда стремились российские сектанты, уже расселились иноземные колонисты и регулярно наведывались протестантские миссии. Там возникли в 1860-х гг. религиозные братства «штундистов» (нем. die Stunde — час). В определенные часы они проводили молитвенные собрания в частных домах, читали Библию на русском языке, и ожидали великого добра от начальства, которое отберет землю от православных помещиков и даст ее простым людям из «штунды и анабаптистов». Железные дороги, пароходы и телеграф указывали им на наступающий конец света, церковной иерархии и богослужений они не признавали и нередко отказывались крестить младенцев. Православные писатели называли их штундо-баптистами.
Циркуляром Комитета министров от 4 июля 1894. г. штунда была признана «одной из наиболее опасных в церковном и государственном отношении сект». Поскольку они отрицательно относились к православию и по-своему толковали Писание, им вменялся в вину подрыв чувства уважения к законным властям. В судебной практике к штундистам были причислены представители прежних «сект» (хлыстов, духоборов, молокан), а также и баптисты.
Вероучение баптизма стало известным в России с 1850-х гг. в Прибалтике и Финляндии, польских землях и на юге. На юге его проповедовали миссионеры Германского баптистского союза, связанного с Филадельфийской ассоциацией. Они учили частных баптистов согласно Гамбургскому исповеданию, которое разработал