Иностранцы, долгое время жившие в России и писавшие о положении в ней инославных, называли это положение «религиозной свободой». Эта свобода не исключала регламентации, она предусматривала контроль государства за церковной жизнью, что соответствовало веро-учительным принципам лютеранской и реформатской церквей. Правительственная комиссия из светских чиновников и наиболее влиятельных служителей протестантских церквей работала над созданием устава для церквей в России, признававших «Аугсбургское вероисповедание» с 1805 г., привлекая консультантов из Пруссии. Результат был достигнут 26 декабря 1832 г., когда император Николай I утвердил устав.
Устав юридически закреплял нормы вероучения, церковную структуру, права и обязанности лютеранских и реформатских церквей в России. В создании устава были заинтересованы не только правительство, но и сами пасторы, которые направляли в Юстиц-коллегию ходатайства о необходимости пресечения «сектетизма» на местах. В уставе фиксировались вероисповедные документы, Символы веры, регламентировался порядок домашних и общественных богослужений, свершения таинств и обрядов.
Специальные разделы уточняли судопроизводство, касавшееся окружных и Генеральной консисторий. Например, в Санкт-Петербургский консисториальный округ входили не только столичная губерния с Кронштадтом и Нарвой, но и семнадцать других областей России. Верующие этих областей имели право разрешать свои конфликты в консисториальных судах, а духовенство формировало свои съезды (синоды) для решения практических вопросов и богословских затруднений. Утверждался авторитет общины (прихода) как первого звена протестантской церкви; из прихожан разных сословий выбирался совет (конвент). Община имела пастора, выше находились пробст, генерал-суперинтендант и епископ (для лютеран).
Предметом самых пристальных забот устава был авторитет пастора. Правовое положение пастора приравнивалось к дворянскому, его жалованье либо частично, либо полностью обеспечивала казна. Выбранного общиной пастора консистория утверждала после испытания, в ходе которого выяснялось, имеет ли он высшее богословское образование, умеет ли произносить проповеди и обучать детей в школе. Руководством для богослужений служила так называемая «Агенда», утвержденная правительством, и серьезные отступления от нее могли повлечь за собой отрешение от церковной должности. Источник выбора тематики проповедей регламентировали издания «перикопов» — сборников текстов для пасторов. Наказ духовенству требовал строгого контроля за содержанием и формой проповеди — самой важной части протестантского богослужения. Проповедь следовало произносить, подготовившись молитвенным размышлением, наполняя свои назидания тем смыслом, который понятен любому христианину — ученому и неученому. Подчеркивалась важность личного примера пастора, который и в семейной жизни обязан быть образцом для прихожан, отвечать за религиозное образование юношества, не заниматься ни ремеслом, ни торговлей и не покидать прихода дольше, чем на неделю. В обязанности пастора также входило ведение хроники прихода и метрических книг.
Этот устав действовал и в XX в., хотя последующие законы внесли акценты в правовую квалификацию протестантов. Кодификация российского законодательства, завершившаяся при Александре II в 1857 г., не отменяла установленных ранее прав иностранцев, но верующим неправославных конфессий напоминали об ограничениях. Было установлено деление вероучений на четыре класса (православие, другие христианские конфессии, раскольники, нехристианские религии). В Своде законов Российской империи за 1912 г. протестанты, причисленные ко второму классу, не имели права «убеждать последователей иных вероисповеданий христианских и иноверцев к принятию их учения о вере». Это запрещение миссионерства практически не сказалось на деятельности лютеранской, реформатской и англиканской церквей, не отразилось и на положении гернгутеров и меннонитов. В полной мере его карающая сила обрушилась на евангельских христиан и баптистов, их вероучительные нормы расценивались как противозаконные, начиная с 1860-х гг., когда на русских землях стали возникать общины так называемых «штундистов».
Слова «секта» и «сектант», по мнению специалистов-филологов, в русском языке изначально не были нейтральными, они имели отрицательный и уничижительный смысл. В современной официальной лексике эти понятия употреблять не рекомендуется, поскольку они могут восприниматься верующими как оскорбительные. Однако на языке государственных документов царской и императорской России вероисповедания лютеран, реформатов и англикан относили к христианским, хотя и второго класса, а все прочие протестантские конфессии именовались «сектами».