Лютеранская церковь укреплялась на территориях, прилегавших к Балтийскому морю. Курляндия с 1570 г. обладала уставом герцога Готгарса Кетлера. В Лифляндии и Эстляндии местные церковные уставы были учтены в качестве специальных дополнений, когда там в 1686 г. был введен шведский церковный устав. В центре Московского царства протестантские общины состояли из иноземцев, которых вызывали к себе на службу и на поселение русские цари. Для них протестанты были более предпочтительны, чем католики, ведь Москве постоянно приходилось учитывать политические притязания Рима. При великом князе Василии III Ивановиче появились первые «немцы», или «люторы», т. е. иноземные врачи, художники, переводчики, ремесленники, торговцы из протестантов. Стрелецкая слобода в Москве была выстроена для иноземных солдат — поляков, литовцев и немцев. В Немецкой слободе жили поселенцы разных национальностей и конфессий. Из «немцев», служивших Ивану Грозному, в Москве образовалась лютеранская община, названная именем Св. Михаила, о ней сохранились сведения, начиная с 1559 г. Иван Грозный, современник событий Реформации, интересовался ими не только как политик, которому важно было добиться союза с королями лютеранских Дании и Швеции. В 1570 г. он устроил публичный диспут в Москве с Яном Рокитой, одним из Чешских братьев, который прибыл в русскую столицу с посольством короля Сигизмунда II Августа. Затем царь написал сочинение «Ответ Яну Роките», в котором отстаивал взгляд на православие как на истинное христианство и осуждал идеи Лютера вместе со всеми реформами.
Бюст Мартина Лютера. XIX в. Россия.
Протестанты из числа пленных, а также покидавшие Западную Европу, которую разоряли беспрерывные войны, в массовом порядке селились в русских городах — Владимире и Угличе, Костроме и Казани, Нижнем Новгороде и Твери. После окончания Тридцатилетней войны усилился поток западных искателей удачи и славы при дворе царя Алексея Михайловича. В Москве в конце XVII в. имелись здания трех лютеранских и одной реформатской церкви — три деревянных и одно каменное, но без колоколов и органов. Реформатская община состояла из голландцев, французов и швейцарцев, которых было меньше, чем лютеран, и первоначально богослужения проводились совместно с лютеранами. Лютеране в столице поддерживали прямые контакты с Саксонией и получали пособия от герцога Эрнста Благочестивого. После отмены во Франции Нантского эдикта царица Софья милостиво приняла гугенотов, а от имени Петра I в 1689 г. была издана грамота, по которой французам, вынужденным покинуть родину, открывался свободный доступ в Россию с гарантией веротерпимости.
Относительно устойчивым было со второй половины XVII в. положение протестантских общин в Астрахани и Архангельске — главных в ту пору российских портах. В других русских городах также возводились лютеранские и реформатские церкви со школами, пасторы регулярно совершали общественные богослужения, выказывая лояльность своих прихожан к установленным порядкам. При заключении контрактов с иностранцами о службе в России им гарантировались личные имущественные права и свобода вероисповедания. Пасторам шло содержание от общин и жалованье от царской казны. До конца XVII в. правительство ограничивало иностранцев отправлением домашнего богослужения, нередко отказывая прошениям о постройке деревянных, а затем и каменных храмов. Если среди протестантского населения в Московском государстве возникали конфликты на религиозной почве, а таких в допетровскую эпоху было немало, власти их жестоко пресекали, игнорируя свои обещания не вмешиваться в вероучительные споры.
За попытку иноземных миссионеров в Москве смущать православных своими проповедями их незамедлительно пытали и сожгли. В 1689 г. среди московских людей объявился приезжий проповедник