Для официальной церкви появлялась угроза со всех сторон.
В Кремле, в семьях высокопоставленных людей, в образованных кругах мода следовала все более и более за Польшей. Новая царица, вышедшая замуж за Федора 18 июля 1680 года, была урожденная Грушецкая. Вскоре царь, вопреки указу, данному им в начале своего царствования, предписал своим царедворцам ношение польского платья. Через посредство польского языка, польских книг и польских наставников мало-помалу стала проявляться соблазнительная терпимость в отношении всех видов латинства. Симеон Полоцкий, ранее, в 1679 году, устраненный из комиссии по редактированию Апостола из-за своих латинских тенденций, все же сумел открыто не обострять своих отношений с греческим православием. Он умер 25 августа 1680 года, и теперь роль его выполнял его любимый ученик Сильвестр Медведев, который вовсе не скрывал своего открытого приверженства латинству. Существовал некоторый проект, к которому царь Федор относился весьма благосклонно, а именно создать академию, где преподавали бы все свободные искусства, догматическое и нравственное богословие, каноническое и гражданское право и где, наряду с церковнославянским и греческим языками, преподавались бы языки латинский и польский; помимо этого, эта академия должна была осуществлять высший контроль над вероучением и нравами. Сама эта программа уже очень напоминала о западных академиях. Патриарх был весьма обеспокоен созданием такого учебного заведения, которое одновременно ограничило бы его власть и роковым образом попало бы в руки иностранных наставников, православие которых было более чем сомнительно.
Об этой опасности было доведено до сведения царя, но другим лицом, а именно Медведевым. 19 мая 1681 года он донес царю на некоего Ивана Белобоцкого, только что по своему собственному желанию прибывшего из Смоленска в Москву, чтобы преподавать в тех школах, которые царь намеревался открыть. Он заявил, что готов принять православие и даже монашеский постриг: на самом же деле, как говорил Медведев, Белобоцкий, действовавший под покровительством своего друга Негребецкого, был кальвинистским проповедником пастора Шлюка, человеком без устойчивых религиозных убеждений, своего рода цыганом, принимавшим без всякого зазрения совести вероисповедание той страны, в которой он жил. Он был допрошен, уличен в безбожии и все-таки продолжал жить в Москве, расширяя круг своих сношений и проповедуя свое индифферентное отношение к религиозным вопросам.
По правде сказать, редко можно было в то время найти москвичей, которые в своем интересе к польской культуре доискались бы до ее латинских истоков. Скорее, широко распространялось своего рода безразличие, стремившееся отделить религию от повседневной жизни и фактически подчинить ее иным жизненным запросам. В то время как старая церковь была всем для русского народа, новая, созданная декретами и поддерживаемая руками палачей, была не чем иным, как одним из органов государства. Люди, искавшие света за границей, питали к ней лишь внешнее почтение; то было лишь угодливое подчинение придворных чиновников или просто покорных подданных. Те, кто, принадлежа формально к новой церкви, сохраняли живую веру, не могли питать таких чувств, которые отделяли бы их от старообрядцев. «Инок» Никон, когда он умер 17 августа 1681 года, перед самым Ярославлем, находясь на корабле, который возвращал его из изгнания в дорогой его сердцу Воскресенский монастырь, казался простому, согбенному от бесправия люду, уже забывшему все препирательства, как бы несущим ему какое-то благословение. Не вставала ли тут перед народом тень старых счастливых времен единения? А сам он, в продолжении последних пятнадцати лет, разве он не был более близок своим прежним противникам, нежели теперешним столпам церкви?
Другой патриарх, с более широкими взглядами, сделал бы все возможное, чтобы вернуть горящих подлинной верой старообрядцев в лоно официальной церкви; для старообрядцев же, для которых отсутствие иерархии было сплошным мучением, становившимся изо дня в день все более тягостным и, кроме того, все более и более угрожающим для будущего, – возвращение в лоно церкви, которая, сняв все свои клятвы, признала бы законность древнего благочестия, было бы вполне возможным.
Перед лицом натиска католицизма на Русь, перед «капитонами», квакерами, индифферентизмом и расколом патриарх Иоаким принимает только одни административные меры, направленные целиком против старообрядцев. Иоаким созвал в феврале 1682 года собор, на котором он принудил его членов принять целый ряд мер, скорее административного, чем духовного характера.