Однако уйти патриарху не дали. 15 апреля 1652 года он внезапно умер. «Бог изволил скорым обычаем взять», — поспешил известить своего «собинного» друга царь Алексей Михайлович. В своём письме к Никону царь подробно описывает внезапную болезнь и смерть патриарха: «В понедельник шестой недели Великого поста заболел лихорадкою да трясла его ходячи по дням, а к Вербному воскресению и полегчело, да пришел утин да грыжа, на злую силу ездил на осляти; а кручиноват добре был, в ходу никто не мог угодить, на всех кручинится… Да на Страстной неделе посылал я в понедельник и во вторник о спасении спрашивать, и он государь сам выходил да сказывал: “есть де легче; прямая де лихорадка и знобит и в жар великой приводит”; да во вторник ездил отпевать Ивана Григорьева сына Плещеева жену, а отпевал де на злую силу, весь де черн в лице…»
В Великий четверг патриарха не стало. Умирал он в страшных муках. Перед смертью его посещали кошмарные видения. Видимо, показана была будущая судьба Русской Церкви… А когда вечером царь пришёл к гробу патриарха, произошло следующее. «Над патриархом один священник говорит Псалтырь, и тот говорит во всю голову кричит, а двери все отворил; и я почал ему говорить: для чего ты не по подобию говоришь? Прости де, государь, страх нашел великой, а во утробе де, государь, у него святителя безмерно шумело больно грыжа до тебя государь то-то де меня и страх взял; а у него государя живот взнесло, с поларшина из гроба знать утробы то его, и руки не сойдутся как у прочих мертвецов ведется, а как преставился и вынесли, и у него света отнюдь живота не знать было из гроба только голова одна наруже была…»
Вряд ли патриарх Иосиф умер своей смертью. Слишком уж он мешал реформаторам. Слишком уж они торопились приступить к реализации своих авантюрных планов. «Привлекает внимание и то, что сразу после смерти наступает необычно быстрое и даже бурное разложение трупа, хотя на дворе стоит ранняя весна и было, вероятно, достаточно прохладно. Труп разлагается столь бурно, что стоявшему рядом с гробом царю стало не по себе: “Побеги вон, тотчас тебя, вскоча, удавит!.. Да в ту ж пору как есть треснуло у него в устах и я досталь испужался”».
Патриарх Иосиф был погребён в Успенском соборе, рядом с гробницей первого патриарха Иова, как и просил…
Преемник Иосифу был уже давно предопределён царём и его духовником. В том же письме, в котором он сообщал Никону о смерти патриарха Иосифа, Алексей Михайлович пишет: «Возвращайся, Господа ради, поскорее к нам, обирать на патриаршество именем Феогноста (в переводе с греческого «известный Богу». — .К.), а без тебя отнюдь ни за что не примемся… ты, владыко святый, помолись… чтоб Господь Бог наш дал нам пастыря и отца, кто ему Свету годен, имя вышеписанное, а ожидаем тебя, великаго святителя, к выбору, а сего мужа три человека ведают: я, да казанский митрополит, да отец мой духовный… а сказывают свят муж». Вместе с тем и ревнители благочестия были сильно озабочены тем, кто же станет новым патриархом, поскольку от этого зависела судьба будущих преобразований в Церкви. Формальными кандидатами на патриарший престол были митрополит Ростовский и Ярославский Варлаам, митрополит Казанский и Свияжский Корнилий и митрополит Новгородский и Великолуцкий Никон. «Того обстоятельства, что вопрос о новом патриархе уже давно и окончательно был решён царём и Стефаном Вонифатьевичем, они совсем не знали, а потому считали себя призванными позаботиться о выборе преемника Иосифу». Вполне естественно, что боголюбцы пожелали иметь патриархом одного из членов своего кружка. Самой лучшей, по их мнению, была кандидатура Стефана Внифантьева — главы и покровителя кружка ревнителей благочестия.
Вот как описывает подготовку к избранию нового патриарха непосредственный участник события протопоп Аввакум:
«Стефан духовник, моля Бога и постяся седмицу с братьею, — и я с ними тут же, — о патриархе, да же даст Бог пастыря ко спасению душ наших, и с митрополитом казанским Корнилием, написав челобитную за руками, подали царю и царице — о духовнике Стефане, чтоб ему быть в патриархах. Он же не восхотел сам и указал на Никона митрополита. Царь ево и послушал, и пишет к нему послание навстречю: преосвященному митрополиту Никону новгороцкому и великолуцкому и всея Русии радоватися, и прочая. Егда ж приехал, с нами яко лис: челом да “здорово!”. Ведает, что быть ему в патриархах, и чтобы откуля помешка какова не учинилась».
В «Повести о страдавших в России за древлецерковная благочестная предания», входящей в «Книгу бесед», Аввакум так вспоминал эти далёкие события:
«В лета 7160-го году, июня в (10) день, по попущению Божию вскрался на престол патриаршеский бывшей поп Никита Минич, в чернецах Никон, обольстя святую душу протопопа духовника царева Стефана, являяся ему яко ангел, а внутрь сый диявол. Протопоп же увеща царя и царицу, да поставят Никона на Иосифово место. И я, окаянной, о благочестивом патриархе к челобитной приписал свою руку. Ано врага выпросили и беду на свою шею».