Смерть в малолетстве всех трёх детей священника Никиты сильно потрясла его и была принята им за указание Свыше. В 1630 году он принудил свою жену согласиться принять иночество и уйти в девичий Алексеевский монастырь в Москве, а сам ушёл на Белое море. Согласно официальной версии, он принял монашество с именем Никона в Анзерском скиту, руководимом суровым отшельником преподобным Елеазаром Анзерским. Однако епископ Александр Вятский в своем «Обличении» на патриарха Никона (1662) излагает иную версию начального периода его служения:
Преподобный Елеазар (ум. 1656), в обитель которого прибыл будущий патриарх всея Руси, в 1612 году с благословения игумена удалился из Соловецкого монастыря на безлюдный Анзерский остров и поселился на горе Голгофе близ озера Круглого, пребывая в постоянной молитве и богомыслии. Со временем молва о подвижнике распространилась по всему Поморью, и к нему начали стекаться желающие подвизаться в безмолвии и уединении. Всех приходящих преподобный Елеазар принимал с кротостью и любовью и не запрещал им селиться подле себя. Господь наделил Своего угодника даром прозрения и чудотворения. Царь Михаил Феодорович, сильно скорбевший, что не имеет наследника, узнав о подвижнической жизни святого, вызвал его в Москву, надеясь получить помощь по его молитвам. Преподобный Елеазар утешил царя и предрёк ему рождение сына. По исполнении этого предсказания в 1629 году царь щедро одарил преподобного и помог начать на острове строительство каменного храма во имя Пресвятой Троицы.
Прибыв на остров Анзер, новопостриженный священноинок Никон становится одним из двенадцати учеников преподобного Елеазара. Вместе с анзерским игуменом он ездил в Москву за «милостыней», предназначавшейся для постройки каменного храма на Анзере, занимался перепиской книг. Однако вскоре после поездки между Никоном и преподобным Елеазаром возникли трения.