Как видим, приняв иночество, Никон не особенно стремился к затворничеству и иноческому деланию. Его амбициозная натура требовала власти. В 1634 году, видимо, из-за очередных столкновений с братией Анзерского скита, он вынужден был покинуть остров, бежав на рыбацкой лодке. Буря, разыгравшаяся на море, прибила лодку к каменистому Кий-острову, около устья реки Онеги. Здесь в честь своего спасения Никон поставил крест, а позже основал монастырь, названный Крестным. Затем он перешёл на жительство в Кожеозёрский монастырь (в Каргопольских пределах), также находившийся на уединённом острове. Здесь он был в 1643 году выбран в игумены немногочисленной братией монастыря.
В 1646 году Никон отправился в Москву по делам монастыря и, согласно обычаю, явился с поклоном к молодому царю Алексею Михайловичу. Кожеозёрский игумен сумел уловить сокровенные мысли, занимавшие царя Алексея Михайловича и его ближайшее окружение, и вскоре сделал головокружительную карьеру. Представленный царю, он произвёл на него столь благоприятное впечатление, что тут же получил сан архимандрита московского Новоспасского монастыря, в котором находилась родовая усыпальница Романовых. Именно в этот период Никон сблизился с кружком ревнителей древлецерковного благочестия. Царь часто ездил в Новоспасский монастырь молиться за упокой своих предков и потому ещё более сблизился с Никоном, которому приказал ездить к нему во дворец на беседы каждую пятницу.
При этом религиозные взгляды Никона менялись в соответствии со стремительно менявшейся «генеральной линией». Если в 1646 году Никон выступает ещё как сторонник древнерусского благочестия, то к 1648 году он уже становится ярым грекофилом. Иоанн Неронов впоследствии не преминёт ему об этом напомнить:
Завоевав царские симпатии, Никон вскоре занял исключительное положение в Москве. В 1649 году он уже рукоположён в митрополиты Новгородские и Великолуцкие, на одну из крупнейших архиерейских кафедр, — на место ещё живого, отправленного на покой в нарушение церковных правил митрополита Аффония. Скорее всего, патриарх Иосиф был против этого вопиющего поступка, поэтому епископскую хиротонию 11 марта 1649 года в Успенском соборе Кремля совершил сам Иерусалимский патриарх Паисий, находившийся тогда в Москве и всячески расхваливавший Новоспасского архимандрита. При хиротонии Паисий пожаловал Никону право носить мантию «с червлеными источниками».